Практикум 8
В этом задании приведено выравнивание последовательностей align_03.fasta.
c) Участок отмечен на всех выравниваниях, имеющих отношение к данным последовательностям (кроме task_01). Нужно добавить, что кластеры, найденные мной, гэпов не содержат. Это значит, что предковая последовательность имела столько же аминокислот в блоках, а те из них, что не вошли в блоки, разошлись из-за того, что не были значимы для функций белка. Следовательно, они могут считаться гомологами, несмотря на несхожесть друг с другом.
d) Результат - в окне "task_02d".
Эти последовательности наиболее родственны друг другу согласно дереву, построенному по алгоритму Neighbourhood joining PAM 250. Поэтому можно говорить о гомологии их остатков, отмеченных симолом H на разметке; у остальных последовательностей на этом месте - участок, не входящий в кластер.
Для выполнения этого задания был взят последний блок (позиции 151 - 157). Были получены следующие результаты:
- 3 абсолютно консервативные позиции
- 5 функционально консервативных позиций
- 1 позиция, консервативная на 70% (6*0.7 = 4.2 = 4)
- 1 позиция, функционально консервативная на 70%
- На самом длинном участке выравнивания (позиции 55 - 94) было найдено 3 позиции с гэпами (7.5%)
Результаты представлены в окне "task_04".
Результаты представлены в окне "task_05". В качестве заведомо негомологичной последовательности взята последовательность белка YP_006767025.1. Было найдено 16 совпадений (10.191%).
Были взяты последовательности белков Байкузиной Полины, Бойко Александры, Ефремова Алексея, Ивановой Софьи и Николаевой Дарьи. Результаты представлены в окне "task_06". Разметка аналогична таковой в задании 2. Естественно, данные в задании определения пришлось несколько расширить (так, например, блок выделялся при нахождении уже трёх совпадающих последовательностей). Было найдено всего 4 блока (см. рисунки), которые невозможно объелинить в кластер. Вывод очевиден - крайне проблематично проводить выравнивание совершенно негомологичных последовательностей.
Рисунок 1. Блок 1
Рисунок 2. Блок 2
Рисунок 3. Блок 3
Рисунок 4. Блок 4
