Практикум 9

Задание 1

Для выполнения этого задания были выбраны те же последовательности, что и в предыдущем практикуме. Выравнивания из всех заданий лежат в этом проекте.

Задание 4

Для выполнения задания было необходимо выровнять последовательности 4 раза: дважды - используя дополнительные параметры программ needle и water по умолчанию(gap open [= 10], extension [= 0.5]), и ещё 2 раза - с изменёнными параметрами. Я решила провести выравнивание с помощью программы needle, уменьшив штраф за открытие гэпа до 5, и выравнивание с помощью программы water, уменьшив штраф за продолжение гэпа до 2.25.
Сравнение глобальных выравниваний (выравнивание с изменёнными параметрами - снизу).

Сравнение локальных выравниваний (выравнивание с изменёнными параметрами - снизу).

Как видно из рисунков, в глобальном выравнивании увеличилось количество гэпов (что неудивительно, т.к. уменьшился штраф за открытие гэпа), в локальном же выравнивании мало что изменилось (количество гэпов осталось прежним, изменилось только положение одного из них: гэп с позиции 56-57 сместился на позицию 60-61).

Задание 5

Для этого задания был выбран белок Анастасии Козловой YP_003503837.1.

Задание 7

Произведено сравнение выравнивания, полученного из множественного, и выравнивания, построенного с помощью программы water. Были обнаружены различия в 54-57 и 140-144 колонках (см. рисунки 1, 2); причём в дополнительном выравнивании не было необходимости, т.к. любые попытки ручного выравнивания приводили к ухудшению общей картины (окно task7).
Рисунок 1. Первый участок сравниваемых выравниваний

Рисунок 2.Второй участок сравниваемых выравниваний

Задание 8

С помощью программы infoalign были найдены требуемые в Задании 8 параметры (см. Таблицу 1).
Таблица 1.

файл	гэпы(количество*длина)	идентичные остатки	сходные остатки
needle.fasta	1	73	21
nonhomologous_needle.fasta	313	24	83

Итак,

Как и ожидалось, в "хорошем" выравнивании количество гэпов и их длина стремится к нулю, в отличие от "плохого" выравнивания.
По моему мнению, локальное выравнивание лучше для похожих последовательностей, т.к. "работает" только с немногочисленными отличающимися участками, не затрагивая при этом пул похожих остатков. Глобальное же выравнивание лучше применять для негомологичных последовательностей.
Парное выравнивание лучше множественного (т.е. в парном больший процент сходства, чем в множественном).