Филогенетические деревья
Целью выполнения этого задания была работа с филогенетическим деревом восьми бактерий. Для работы я выбрала следующие штаммы бактерий:
Необходимо было построить филогенетическое дерево этих организмов, взяв за основу дерево, изображённое на Рис.1:
Из рисунка очевидно, что наиболее близкое родство имеют следующие пары организмов: (BRADU, RHIEC), (SALTY, ERWT9), (VIBCH, VIBFM). Оставшиеся два организма, YERPE и PROMH, входят в одну кладу с парой (SALTY, ERWT9).
Таким образом, моё филогенетическое дерево в скобочной формуле выглядит следующим образом:
((BRADU, RHIEC), ((((SALTY, ERWT9), YERPE), PROMH), (VIBCH, VIBFM)));
Чтобы визуализировать это дерево, я воспользовалась программой newick (не указав длину ветвей) и получила следующий результат:
Наконец, нужно было составить список нетривиальных ветвей, то есть таких ветвей, которые разбивают множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
У меня получилось 5 нетривиальных ветвей:
На рисунке видно, что все выбранные виды относятся к типу Proteobacteria. Виды BRADU и RHIEC относятся к отряду Rhizobiales; виды SALTY, ERWT9, YERPE и PROMH принадлежат семейству Enterobacteriaceae; VIBCH и VIBFM относятся к семейству Vibrionaceae, а последние два семейства, в свою очередь, принадлежат отряду Gammaproteobacteria.
Теперь вернёмся к сконструированному неделей раньше филогенетическому дереву и отметим те нетривиальные ветви, которые соответствуют таксонам:
Из рис.4. видно, что "фиолетовая" ветвь соответствует таксону Enterobacteriaceae, "зелёная" ветвь соответствует Vibrionaceae (и вместе они составляют "жёлтую" ветвь - Gammaproteobacteria), и "красная" ветвь соответствует таксону Rhizobiales.