Gene Ontology
Итак, я вернулась к работе с белком YP_006767025.1 (WP_014961570, UniProt - J9ZBY4_LEPFM) бактерии Leptospirillum ferriphilum ML-04, выданным мне в первом семестре. В этом практикуме я отнесу его к терминам базы данных Gene Ontology.
Чтобы найти исследуемый белок в GO, я воспользовалась поиском BLAST в инструменте AmiGO c настройками по умолчанию. Выдача выглядела следующим образом:
Лучшая находка - белок GSU_1894 (2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase) организма Geobacter sulfurreducens PCA. Её p-value составил 3.1e-74. Конечно, это разные белки (3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase и 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase), но они довольно сходны (здесь лежит парное выравнивание этих белков). Кстати, организмы, из которых взяты эти белки, очень далеко отстоят друг от друга: Geobacter относится к типу Proteobacteria, а Leptospirillum - к типу Nitrospirae.
Затем я перешла на страницу белка GSU_1894 и, пользуясь информацией с вкадки 2 term assotiations, заполнила следующую таблицу:
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P61655 (KDSA_GEOSL)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0019294 | keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process | биосинтез кето-3-дезокси-D-маннооктулосоновой кислоты | ISS |
| Функция (Molecular function) | GO:0008676 | 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity | 3-дезокси-8-фосфооктулонатсинтазная активность | ISS |
В целом, в таблице содержится информация о различных аспектах белка, а также некоторые их атрибуты (идентификаторы и тип достоверности). Тип достоверности - это указание на то, каким путём была получена информация о данном белке и насколько можно ей доверять. В моём случае встретился только один код типа достоверности - ISS:
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода | Объяснение |
| ISS | Inferred from sequence or structure similarity | Этот код используется в тех случаях, когда аннотация производилась вручную на основе структурной гомологии либо гомологии по последовательности |
Итак, аннотация белка была произведена вручную. Это говорит о высокой достоверности информации об этом белке. Теперь я опишу термин Molecular function исследуемого белка (термин GO:0008676). По этому термину доступна следующая информация (на соответствующей ему вкладке):
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0008676.
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0008676 |
| Название (Name) | 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity |
| Аспект онтологии (Ontology) | Молекулярная функция (Molecular function) |
| Синонимы (Synonyms) | 2-dehydro-3-deoxy-D-octonate-8-phosphate D-arabinose-5-phosphate-lyase (pyruvate-phosphorylating) activity 2-dehydro-3-deoxy-phosphooctonate aldolase activity 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase activity 2-keto-3-deoxy-8-phosphooctonic synthetase activity 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase activity 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase activity 3-deoxy-D-mannooctulosonate-8-phosphate synthetase activity 3-deoxyoctulosonic 8-phosphate synthetase activity KDO-8-P synthase activity KDO-8-phosphate synthetase activity KDOP synthase activity phospho-2-keto-3-deoxyoctonate aldolase activity phosphoenolpyruvate:D-arabinose-5-phosphate C-(1-carboxyvinyl)transferase (phosphate-hydrolysing, 2-carboxy-2-oxoethyl-forming) |
| Определение (Definition) | Catalysis of the reaction: D-arabinose 5-phosphate + H(2)O + phosphoenolpyruvate = 8-phospho-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonate + 2 H(+) + phosphate. |
| Комментарий (Comment) | Note that this function was formerly EC:4.1.2.16. |
| Число родителей (из них - логически определённых) | 4 (4) |
| Число потомков (из них - логически определённых) | 0 |
Вывод: по термину можно узнать много полезной информации. Например, предковые реакции или ферментативные активности, определение, синонимы и многое другое.
А вот графическое представление предков данного термина (единственное доступное):
Здесь нужно пояснить, что goslim (Go-slim) - это обрезанная версия GO-Ontology, дающая самые общие сведения об онтологии. Цветные прямоугольники внутри каждого термина - это организмы, в которых этот термин встречается как предок исследуемого термина (цветовой код справа). Разноцветные стрелки указывают тип отношений между терминами. Отмечу, что рисунок очень понятный: из него можно получить однозначную информацию о том, что за процесс в данный момент изучается, к какому типу относится и в каких организмах встречается.
В целом, Gene Ontology, по моему мнению - база данных с удобным интерфейсом, содержащая достоверную информацию о генах и их метаболических путях, которую можно достаточно быстро получить.