Описание пектинэстеразы A из генома бактерии Dickeya dadantii 3937 .
Данный практикум направлен на получение объективной информации о назначенном белке определённого вида прокариот. Найдена информация об аминокислотной последовательности полипептида и соответствующем белку гене.
Ход работы
Была проделана работа по поиску информации о геноме бактерии Dickeya dadantii 3937, конкретно о его части, соответствующей исследуемому полипептиду, аминокислотной последовательности белка пектинэстеразы A. Результаты представлены в таблице 1.
| Идентификатор белка | ADM99554.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP002038 |
| Название белка | Pectinesterase A |
| Координаты гена в геноме | 3580232..3581332 |
| Длина гена (п.н.) | 1101 |
| Цепь | прямая |
| Длина белка (а.о.) | 366 |
Была получена и оформлена в формате fasta аминокислотная последовательность полипептида. Pectinesterase A aminoacid sequence
Пектинэстераза, по-видимому, способствует расщеплению пектина, компонента растительных клеток. Действительно, исследуемая бактерия является паразитом культурных растений. Она использует фермент пектинэстеразу A для проведения процесса гидролиза пектина с образованием метанола и пектината кальция, и из-за этого срединная пластинка между клетками становится хрупкой и легко разрушается.
Итог
Для поиска информации о белке и геномном расположении соответствующего гена использовались данные открытой базы NCBI. Полное имя протеина взято с сайта Uniprot. Последовательность аминокислотных остатков оформлена в формате fasta. Рисунок геномного окружения (см. рисунок 1) получен с помощью сайта NCBI.
***Задание показалось интересным, уже используется информация с лекции по ботанике, хочется узнать про белок и бактерию побольше***
Надеюсь в скором времени оформить эту страничку красиво.
16/05/2021 Finally, я оформила ее красиво после стольких лет!