Практикум 10. Выравнивание
В рамках практикума изучилось понятие выравнивания последовательностей. Необходимо было получить несколько мутаций гена, кодирующего исследуемый белок, произвести трансляцию каждого мутантного гена и сравнить с нормальным белком выравниванием.
Каким образом проводилась работа
Получение мутантного гена проводилось вручную в редакторе nano.
Трансляция проводилась командой transeq в командной строке.
Выравнивание проводилось двумя способами: командой needle в командной строке (выходные файлы форматов .needle и .fasta) и с помощью программы Jalview на личном компьютере. Результат - картинки выравниваний в папке практикума 10.
Суммарная информация о практикуме представлена в файле "PMEA_DICD3-table.xlsx" в директории практикума.
Основные выводы
Мутации, вызывающие наиболее фатальные изменения в структуре белка, - это делеция и вставка нуклеотидов в количестве, не кратном трём, так как они вызывают сдвиг рамки считывания.
Мутации, менее всего влияющие на структуру белка, - это замены нуклеотидов в местах, кратным по номеру трём, так как генетический код чаще всего позволяет кодировать одну аминокислоту кодонами, различающихся только третим нуклеотидом.