Практикум 1. Филогенетическое древо
Отобранные бактерии
| Name | Mnemonic | Taxonomy |
|---|---|---|
| Clostridium tetani | CLOTE | Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC | Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris | LACLM | Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus; Lactococcus lactis |
| Moorella thermoacetica | MOOTA | Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Moorella group; Moorella |
| Staphylococcus aureus | STAAR | Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| Staphylococcus epidermidis | STAES | Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN | Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus |
Скобочная формула дерева
((CLOTE,MOOTA),((STAAR,STAES),(LACAC,(STRPN,LACLM))));
Изображение дерева (получено программой MEGA)
Ветви дерева
Дерево содержит 4 нетривиальные ветви:
1) {CLOTE,MOOTA} против {STAAR,STAES,LACAC,STRPN,LACLM}
2) {CLOTE,MOOTA,STAAR,STAES} против {LACAC,STRPN,LACLM}
3) {CLOTE,MOOTA,STAAR,STAES,LACAC} против {STRPN,LACLM}
4) {STAAR,STAES} против {CLOTE,MOOTA,LACAC,STRPN,LACLM}
Таксономия и ветви
Для бактерий была просмотрена таксономия согласно данным NCBI (см. таблицу выше). Оказалось, что построеное дерево достаточно неплохо описывает таксономические отношения бактерий и нетривиальные ветви четко отделяют конкретный таксон от всего остального.
