Практикум 8. PSI-BLAST
Требовалось для какого-то идентификатора (AC) из SwissProt найти гомологичные белки с помощью PSI-BLAST. Мы выбрали AC C4Z088 - это Probable septum site-determining protein MinC из организма Eubacterium eligens. Белок ингибирует клеточное деление, препятствуя образованию перегородки в начале клеточного деления, дестабилизируя FtsZ филаменты.
Были проведены несколько итераций PSI-BLAST.
| № | Число находок лучше 0.005 | худшая находка выше порога | evalue худшей находки выше порога | лучшая находка ниже порога | evalue лучшей находки ниже порога |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 197 | Q2P036 | 4e-3 | Q5F5V4 | 0.005 |
| 2 | 188 | O25693 | 1e-9 | A7H8E6 | 0.049 |
| 3 | 188 | Q9ZM51 | 1e-11 | A7H8E6 | 0.011 |
| 4 | 188 | Q9ZM51 | 5e-13 | A7H8E6 | 0.015 |
4 итерация повторила третью. Разница в порядках evalue между находками выше и ниже порога очень большая (порядка e-2 у находок ниже порога против не более e-11 у находок выше порога). Поэтому с большой вероятностью можно сказать, что белки принадлежат семейству гомологичных белков. Собственно 188 хороших последовательностей - это все белок MinC.