Prac 1. PyMol

Вступление

Pymol - это программное обеспечение, позволяющее быстро визуализировать биологические молекулы и рендерить изображения для научных публикаций. Наша задача заключалась в визуализации химических связей комплекса лиганд-белок, связанный с взаимодействием собственно белка и лиганда.

О белке и лиганде

Нам был предложен белок - метаботропный рецептор гамма-аминомасляной кислоты класса b (GABA-b). Он состоит из двух неодинаковых, но сходных по структуре субъединиц - GBR1b и GBR2. Каждая из них содержит два домена - LB1 и LB2, которые очень похожи у субъединиц. Междоменные же части субъединиц сильно отличаются, из-за чего лиганды с большей охотой связываются с GBR1b. Эта субъединица может осциллировать между "открытой" и "закрытой" конформациями, причем закрытая (активная) конформация ассоциирована с наличием связанного лиганда. Баклофен - это агонист GABA-b рецептора, обладающий миорелаксирующими свойствами и использующийся как лекарственный препарат. Баклофен в связанном состоянии удерживает подвижную субъединицу в активном (закрытом) состоянии и таким образом активизирует рецептор.

Химические взаимодействия

На изображении выше показаны нековалентные химические взаимодействия, удерживающие лиганд связанным с рецептором. Ацетогруппа баклофена вступает в водородные связи с остатками Tyr-250, Ser-153 и Ser-130 (радикал и скелет). Аминогруппа вступает в водородные связи с остатками His-170 (по eps-атому) и Glu-349, кроме того образует солевой мостик с Glu-349 и пи-катионный стекинг с Trp-278.

Рассуждение

Мне кажется, что т-стэкинг между ароматическим кольцом баклофена и Tyr-250, хотя и играет некоторую роль в связывании, не так сильно влияет именно на возможность связывания. В этом сайте связываются также гамма-аминомасляная кислота и её аналоги. Таким образом, определяют связывание лиганда остатки Ser-130, Ser-153, Tyr-250, Trp-278, Glu-349, His-170.