Практикум 12

Краткое описание семейства доменов

Коннексины - белки щелевых контактов. Коннексон в одной плазматической мембране состыковывается с коннексоном в мембране близко расположенной клетки, образуя гемиканал. Щелевые контакты необходимы для многих физиологических процессов, таких как координированная деполяризация сердечной мышцы, правильное эмбриональное развитие и проведение импульса в микрососудах. Также коннексины имеют функции, связанные с цитоскелетом и миграцией клеток

Таблица 1. Описание семейства доменов Connexin
Таблица 12-1 Информация
AC pfam PF00029
ID pfam Connexin
#SEED 176
#All 7511
#SW 111
#architectures 86
#3D 83
Taxonomy
#eukaryota 20014
#archaea 0
#bacteria 0

Kарта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Таблица 2. Информация об архитектурах
Таблица 12-2 Информация
Доменная архитпектура 1 PF00029 - PF03508
Белок с архитектурой 1 O73863
Доменная архитпектура 2 PF00029 - PF16791
Белок с архитектурой 2 Q8JFD2
Карта локальных особенностей (DotPlot) белков O73863 и Q8JFD2
Рис.1 Карта локальных особенностей (DotPlot) белков O73863(горизонтальная ось) и Q8JFD2(вертикальная ось)

Из карты локальных особенносей можно увидеть, что белки имеют очень высокий процент сходства. Есть вставки в белке Q8JFD2 и/или делеции в белке O73863. Белки выровнялись по всей длине.