Практикум 7

Название белка на английском: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
Название белка на русском: Вероятный бифункциональный белок биосинтеза треонилкарбамоиладенозина тРНК
ID: A0A0W1R6K8_9EURY
AC: A0A0W1R6K8
Длина: 531 АА
Функции: Учавствует в образовании треонилкарбамоильной группы на аденозине в позиции 37 (t6A37) в тРНК, которые считывают кодоны, начинающиеся с аденина. Является компонентом комплекса KEOPS, который, вероятно, участвует в переносе треонилкарбамоильного фрагмента треонилкарбамоил-AMP (TC-AMP) в группу N6 A37.
Структура: включает в себя два домена: тРНК-N6-аденозин-треонилкарбамоилтрансфераза (tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase) или Kae1, вероятно играющий прямую каталитическую роль, и Серин/треонин-протеинкиназа Bud32 (Serine/threonine-protein kinase Bud32), вероятно, демонструирующий киназную активность, регулирующую функцию домена Kae1.

Запрос 1: (taxonomy_id: 1911573) AND (protein_name:Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein)
Данным запросом я нашла все белки с таким названием. Поиск выдал 2 результата, один из которых - рассматриваемый белок в архее Haloprofundus marisrubri (taxonomy_id: 1514971), другой - белок с тем же названием у другой археи рода Haloprofundus - Haloprofundus sp. MHR1 (taxonomy_id: 2572921) (Tax ID рода: 1911573). Причем при поиске "(taxonomy_id: 1911573) NOT (taxonomy_id: 1514971) NOT (taxonomy_id: 2572921)" находится всего один результат, что говорит о том, что из всего рода Haloprofundus достаточно много белков записаны только для двух организмов. Поскольку исследуемый белок присутствует у обоих организмов, можно сказать, что его присутствие характерно для хорошо изученных и описанных представителей рода Haloprofundus

Запрос 2: (taxonomy_id:1514971) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:29033")
Данным запросом я нашла все белки археи Haloprofundus marisrubri, где кофактором является ион железа(II). Выводится 5 результатов, при том, что всего есть 3,761 запись для этой археи.

Запрос 3: (taxonomy_id:1514971) AND (length:[1 TO 530])
Данным запросом я нашла все белки археи Haloprofundus marisrubri короче рассматриваемого (его длина - 531 АА). Поиск вывел 3,425 результатов. Поскольку всего записей для данной археи 3,761, то можно сказать, что вероятный бифункциональный белок биосинтеза треонилкарбамоиладенозина тРНК длиннее большинства других белков археии, а именно 91,0662% ее белков. При этом самый короткий белок Haloprofundus marisrubri насчитывает 43 аминокислоты, а самый длинный - 1,681 аминокислоту. Из этого можно сделать вывод, что коротких белков в данной архее намного больше, чем длинных.