| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 279.0 | 25.3% | 41.0% | 98 | 16 |
| UDP-glucose 4-epimerase | GALE_ECOLI | GALE_BACSU | 1032.0 | 56.8% | 70.6% | 3 | 2 |
| DNA repair protein RecO | RECO_ECOLI | RECO_BACSU | 137.5 | 22.1% | 37.4% | 81 | 18 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 289.0 | 27.5% | 43.2% | 78 | 12 | 88.0% | 89.1% |
| UDP-glucose 4-epimerase | GALE_ECOLI | GALE_BACSU | 1033.0 | 57.4% | 71.4% | 1 | 1 | 99.4% | 98.8% |
| DNA repair protein RecO | RECO_ECOLI | RECO_BACSU | 42.0 | 22.3% | 36.5% | 64 | 10 | 53.7% | 40.0% |
ALF_ECOLI и ALF_BACSU
Процент идентичности этих белков достаточно высокий - 25.3% и 27.5% в глобальном и локальном выравнивании соответственно, что говорит об их гомологичности.
В локальном выравнивании, по сравнению с глобальным меньше гэпов и инделей, а также выше общий вес, процент идентичности и сходства, хотя разница относительно небольшая (10 баллов веса, 2.2% для идентичности и сходства).
Таким образом, локальное выравнивание информативнее глобального, но не сильно. Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
GALE_ECOLI и GALE_BACSU
Процент идентичности этих белков очень высокий - 56.8% и 57.4% в глобальном и локальном выравнивании соответственно, что говорит об их гомологичности.
В локальном выравнивании, по сравнению с глобальным меньше гэпов и инделей, а также выше общий вес, процент идентичности и сходства, хотя разница относительно небольшая (1 балл веса, 1.4% для идентичности и 0.8% для сходства).
Таким образом, локальное выравнивание информативнее глобального, но не сильно. Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
RECO_ECOLI и RECO_BACSU
Процент идентичности этих белков достаточно высокий - 22.1% и 22.3% в глобальном и локальном выравнивании соответственно, что говорит об их гомологичности.
В локальном выравнивании, по сравнению с глобальным меньше гэпов и инделей, а также выше процент идентичности, но при этом ниже общий вес и процент сходства.
Причем разница процентов идентичности и сходства всё ещё маленькая (0.2% и 0.9% соответственно), а разница веса довольно большая - 95.5 баллов.
Таким образом, в данном случае глобальное выравнивание информативнее локального. Это говорит о том, что белки гомологичны по всей длине.
| Выравнивание | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное (needle) | ALF_ECOLI | GALE_BACSU | 51.0 | 13.9 | 23.7 | 240 | 18 | - | - |
| Локальное (water) | ALF_ECOLI | GALE_BACSU | 58.0 | 18.6 | 31.4 | 128 | 16 | 81.9% | 81.4% |
Можно увидеть, что в обоих выравниваниях получиося маленький вес, а также низкий процент идентичности и схожести, и это говорит о том, что белки не гомологичны. При этом процент перекрытия высокий, но, поскольку вес, проценты идентичсности и сходства маленькие, это можно объяснить схожей структурой или химическим составом белков, возможно из-за схожих функций или случайности.
Мнемоника белка: RECO
Полное название: DNA repair protein RecO
Количество результатов в Swiss-Prot: 491
Выбранные белки: RECO_BIFAA, RECO_MYCTA, RECO_OENOB, RECO_SALPA, RECO_STRPI
Выравнивание сделано в Jalview с "Muscle with Defaults"
Ссылка на файл с проектом Jalview
Данные белки выравнялись достаточно хорошо. При этом участков с высоким процентом идентичности довольно мало, а аминокислоты со средним процентом идентичности относительно равномерно распределены по длинам белков. Это говорит о гомологичности этих белков.
Наиболее консервативный участки: 11-21, 32-46, 142-260
Наименее консервативные участки: 56-69, 104-123, 187-206, 215-241