Практикум 2

Задание 1

С помощью программы fiber пакета 3DNA построить A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc"

Задание 2

Рассмотрели экспериментальную структуру 3v9d и визуально определили большую и малую бороздку. Какие атомы выбранного азотистого основания - Cys10 явно обращены в сторону большой бороздки, а какие в сторону малой?

В сторону большой бороздки обращены: C10.N3, C10.N4, C10.C4, C10.C5, C10.C6, C10.C3', C10.O5', C10.OP2
В сторону малой бороздки обращены: C10.O2, C10.C2, C10.N1, C10.O3', C10.C1', C10.C2', C10.C4', C10.C5', C10.OP1

Выбранное азотистое основание Cys10
Рис 1. Выбранное азотистое основание Cys10. Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28,0 33,8 43,5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 17,1 (T7:A-C32:B) 17,8 (A10:A-C32:B) 14,7 (C12:A-C30:A)
Ширина малой бороздки 8,0 (T7:A-C28:B) 11,7 (A10:A-Т35:B) 8,7 (G13:A-G33:A)

Задание 3

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.
Для задания была выбрана струкрута с PDB ID 1IL2

Координаты стеблей: (901-907 и 972-966, 949-953 и 965-961), (939-943 и 931-927), (911-912 и 924-923), (1902-1907 и 1971-1966, 1949-1953 и 1965-1961), (1941-1943 и 1929-1927), (1911-1912 и 1924-1923) - всего 6 стеблей

Неканонические пары оснований:
U-G (905-968)
T-A (954-958)
P-G (955-917)
C-P (938-932)
U-G (940-930)
A-G (944-926)
G-U (910-925)
P-G (913-922)
U-A (908-946)
A-A (914-921)
A-U (915-948)
U-U (916-959)
U-G (1905-1968)
T-A (1954-1958)
P-G (1955-1917)
C-P (1938-1932)
U-G (1940-1930)
A-G (1944-1926)
G-U (1910-1925)
P-G (1913-1922)
U-A (1908-1946)
A-A (1914-1921)
A-U (1915-1948)
U-U (1916-1959)

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (для этого следует рассмотреть комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям):
A-T (954-958)
G-U (910-925)
U-A (908-946)
A-U (915-948)
T-A (1954-1958)
U-A (1908-1946)
A-U (1915-1948)