Информация о плазмидах
Немного информации о плазмидах в целом.[1]
Общая информация.
Плазмиды - это небольшие самореплицирующиеся кольцевые двуцепочечные ДНК-молекулы (см. рис.1), которые чаще всего обнаруживаются у бактерий, однако имеются и у архей, некоторых эукариот. Плазмиды чаще всего несут дополнительную информацию, в то время как основную несут хромосомы. Одной из самых важных функций плазмид является хранение 'генов безопасности', то есть генов, отвечающих за устойчивость к антибиотикам, перенесение неблагоприятных внешних условий. Также плазмиды используется в генной инженерии в качестве векторов.
Функции плазмид.
>Устойчивость к антибиотикам, тяжёлым металлам...
>Расщепеление некоторых химических соединений, в частности салициловой кислоты
>Синтез энтероксинов; белков, летальных для других бактерий; антигенов, вызывающих рассоединение контакта бактерия-клетка человека/животного
>Перенос ген. материала при конъюгации
>Использование искусственных плазмид в генной инженерии
Каким образом плазмиды распространяются от одной клетки в другую?
Существуют несколько разных путей, однако согласно последним данным выделяют 4 основных пути:
>Конъюгация (непосредственный контакт двух клеток; является горизонтальным переносом генов)
>Трансдукция (захват плазмиды клеткой вместе с фагом)
>Трансформация (захват плазмиды клеткой извне)
>Деление клеток
Штамм бактерии, которым я занимаюсь, - Leuconostoc citreum KM20. В роду Leuconostoc известно 25 плазмид, 9 из которых принадлежат роду citreum, а 4 - штамму KM20. Работая с таблицей, я получил значения длин плазмид, их медианного значения и среднего. Согласно этим данным максимальная длина среди всех плазмид равна 2.580.080 нуклеотидам, минимальная - 537 нуклеотидам, средняя длина равна 87.848 нуклеотидам, а вот медианное значение куда меньше, 30.767 нуклеотидов. Для извлечения рода из колонки #Organism/name я использовал встроенную функцию 'Разбить по столбцам', указав 'пробел' в качестве разделителя. Получилось два столбца: первый - названия родов, второй - названия видов. Оставшийся столбец я решил оставить, хотя никакой необходимости для выполнения данных заданий он не несёт (разве что для суммирования по полю значений этого столбца при построении сводной таблицы для видов, однако и это не является необходимым). В ячейках с 'Candidatus' с помощью 'ctrl+H' я заменил это слово и следующий за ним пробел на пустоту, оставив только род и вид. Ячейки, которые начинаются не с буквы, не считал за род и вид, поставил в соответсвующих ячейках '-'.
Сперва я скопировал колонки Genus и Name (дополнительная, третья колонка с таксономическими единицами после видового обозначения). После, удалил все '-' из колонки с родами. С помощью встроенной функции создал сводную таблицу, в которой первая колонка соответствовала колонке Genus, а вторая - количеству по полю Name. *Можно было поступить по-другому. Можно было не копировать колонку Name, а суммировать по тому же полю Genus. Значения получаются одинаковые.
Источники информации:
[1]: Wikipedia/plasmid (Plasmid)
[2]: Wikipedia/vector (Vector)
[3]: Wikipedia/hgt (Horizontal gene transfer)
 |
Общая информация.
Плазмиды - это небольшие самореплицирующиеся кольцевые двуцепочечные ДНК-молекулы (см. рис.1), которые чаще всего обнаруживаются у бактерий, однако имеются и у архей, некоторых эукариот. Плазмиды чаще всего несут дополнительную информацию, в то время как основную несут хромосомы. Одной из самых важных функций плазмид является хранение 'генов безопасности', то есть генов, отвечающих за устойчивость к антибиотикам, перенесение неблагоприятных внешних условий. Также плазмиды используется в генной инженерии в качестве векторов.
Функции плазмид.
>Устойчивость к антибиотикам, тяжёлым металлам...
>Расщепеление некоторых химических соединений, в частности салициловой кислоты
>Синтез энтероксинов; белков, летальных для других бактерий; антигенов, вызывающих рассоединение контакта бактерия-клетка человека/животного
>Перенос ген. материала при конъюгации
>Использование искусственных плазмид в генной инженерии
Каким образом плазмиды распространяются от одной клетки в другую?
Существуют несколько разных путей, однако согласно последним данным выделяют 4 основных пути:
>Конъюгация (непосредственный контакт двух клеток; является горизонтальным переносом генов)
>Трансдукция (захват плазмиды клеткой вместе с фагом)
>Трансформация (захват плазмиды клеткой извне)
>Деление клеток
Штамм бактерии, которым я занимаюсь, - Leuconostoc citreum KM20. В роду Leuconostoc известно 25 плазмид, 9 из которых принадлежат роду citreum, а 4 - штамму KM20. Работая с таблицей, я получил значения длин плазмид, их медианного значения и среднего. Согласно этим данным максимальная длина среди всех плазмид равна 2.580.080 нуклеотидам, минимальная - 537 нуклеотидам, средняя длина равна 87.848 нуклеотидам, а вот медианное значение куда меньше, 30.767 нуклеотидов. Для извлечения рода из колонки #Organism/name я использовал встроенную функцию 'Разбить по столбцам', указав 'пробел' в качестве разделителя. Получилось два столбца: первый - названия родов, второй - названия видов. Оставшийся столбец я решил оставить, хотя никакой необходимости для выполнения данных заданий он не несёт (разве что для суммирования по полю значений этого столбца при построении сводной таблицы для видов, однако и это не является необходимым). В ячейках с 'Candidatus' с помощью 'ctrl+H' я заменил это слово и следующий за ним пробел на пустоту, оставив только род и вид. Ячейки, которые начинаются не с буквы, не считал за род и вид, поставил в соответсвующих ячейках '-'.
Сперва я скопировал колонки Genus и Name (дополнительная, третья колонка с таксономическими единицами после видового обозначения). После, удалил все '-' из колонки с родами. С помощью встроенной функции создал сводную таблицу, в которой первая колонка соответствовала колонке Genus, а вторая - количеству по полю Name. *Можно было поступить по-другому. Можно было не копировать колонку Name, а суммировать по тому же полю Genus. Значения получаются одинаковые.
Источники информации:
[1]: Wikipedia/plasmid (Plasmid)
[2]: Wikipedia/vector (Vector)
[3]: Wikipedia/hgt (Horizontal gene transfer)
⌘
© Emir Radkevich, 2016