Вместо предисловия: [1]

Изменения:

Белок YP_001728482.1 бактерии Leuconostoc citreum KM20 является ныне белком WP_012305345.1. Это преобразование произошло 3 февраля 2015 года. Локус LCK_01211, соответствующий белку YP_001728482.1, был переименован в LCK_RS09530, соответствующий WP_012305345.1. Кроме этого, ген NC_010471.1, который не изменился при преобразовании белка и локуса, кодирует не декстрансукразу, как это было изначально, а гликозил гидролазу.

Почему же это произошло?

Для секвенирования большого числа практически идентичных геномов требовалось много времени. Эти геномы были необходимы для анализирования штаммов пищевых возбудителей заболеваний и инфекционных вспышек. После секвенирования геномов оказывалось, что почти все гены, которые были 'новыми', уже существовали в базе данных. Таким образом, для того, чтобы продолжать предоставлять данные для прокариот и не перегружать базу данных уже существующей информацией, на сайте NCBI решили повторно аннотировать все RefSeq прокариотических геномов.

Особенности белка и гена, кодирующего его:

Ген, кодирующий гликозил гидролазу, является псевдогеном. Так как цепь обратная, стоп-кодон UUA располагается на левом конце последовательности (см. рис. 1).

Рис. 1 Стоп-кодон (Источник)

Таблица1. Описание декстрансукразы из генома бактерии Leuconostoc citreum KM20 [2]
Параметр	Значение
Идентификатор белка	YP_001728482.1
Идентификатор GI	170017563
Идентификатор фрагмента генома	NC_010471.1
Координаты гена в геноме	1262292..1267667
Длина гена (п.н.)	5376
Цепь (прямая или обратная)	Обратная
Длина белка (а.о.)	1791

Рис. 2 Локус LCK_RS09530 и его окружение (Источник)

Последовательность белка: [3]

>gi|170017563|ref|YP_001728482.1| dextransucrase [Leuconostoc citreum KM20] MINNTLYDSRTVGGGEYQEKFGGLFLDQLKKDYPSLFETKQISTNQPMNPDVKIKEWSAK YFNGSNIQGRGAWYVLKDWATNQYFNVSSDNGFLPKQLLGEKTSTGFITENGKTSFYSTS GYQAKDTFIQDGTNWYYFDNAGYMLTGKQNIHDKNYYFLPNGVELQDAYLFDGNQEFYYN KAGEQVMNQYYQDSQNQWHYFFENGRMAIGLTEVPNADGTHVTQYFDANGVQIKGTAIKD QNNQLRYFDEATGNMVVNSWGQLADKSWLYLNAQGVAVTGNQKIDGEEYYFNADGKQVKG NAIIDNNGDQRYYDGDKGVMAVNSWGELPDGSWLYLNDKGIAVTGRQVINNQVNFFGNDG KQIKDAFKLLSDGSWVYLDDKGLITTGAKVINGLNMFFDKDGHQIKGDASTDANGKRHYY DKNDGHLVTNSWGELPDGSWLYLDEQGDAVTGQRVIDGKTRYFDEDGKQIKNSLKTLANG DKIYLDGDGVAATGLQHVGDKIMYFDEDGKQVVSKFVSAKDGSWYYLNQDGVAAVGPSSI NGQSLYFDQDGKQVKYNEVRNSDGTTNYYTGLTGEKLTQDFGELPDGSWIYLDAQGHTVT GAQIINGQNLYFKADGQQVKGHAYTDQLGHMRFYDPDSGDMLSNRFEQITPGVWAYFGAD GVAITGQHDINGQKLFFDETGYQVKGSQRTIDGTLYSFDSQTGNQKRVQTTLLPQAGHYI TKNGNDWQYDTNGELAKGLRQDSNGKLRYFDLTTGIQAKGQFVTIGQETYYFSKDHGDAQ LLPMVTEGHYGTITLKQGQDTKTAWVYRDQNNTILKGLQNINGTLQFFDPYTGEQLKGGV AKYDDKLFYFESGKGNLVSTVAGDYQDGHYIAQDDQTRYADKQNQLVKGLVTVNGALQYF DNATGNQIKNQQVIVDGKTYYFDDKGNGEYLFTNTLDMSTNAFSTKNVAFNHDSSSFDHT VDGFLTADTWYRPKSILANGTTWRDSTDKDMRPLITVWWPNKNVQVNYLNFMKANGLLIT AAQYTLHSDQYDLNQAAQDVQVAIEKRIASEHGTEWLQKLLFESQNNNPSFVKQQFIWNK DSEYHGGGDAWFQGGYLKYGNNPLTPTTNSDYRQPGNAFDFLLANDVDNSNPVVQAENLN WLHYLMNFGTITAGQDDANFDSIRIDAVDFIHNDTIQRTYDYLRDAYQVQQSEAKANQHI SLVEAGLDAGTSTIHNDALIESNLREAATLSLTNEPGKNKPLTNMLQDVDGGTLITDHTQ NSTENQATPNYSIIHAHDKGVQEKVGAAITDATGADWTNFTDEQLKAGLELFYKDQRATN KKYNSYNIPSIYALMLTNKDTVPRMYYGDMYQDDGQYMANKSIYYDALVSLMTARKSYVS GGQTMSVDNHGLLKSVRFGKDAMTANDLGTSATRTEGLGVIIGNDPKLQLNDSDKVILDM GAAHKNQKYRAVILTTRDGLATFNSDQAPTAWTNDQGTLTFSNQEINGQDNTQIRGVANP QVSGYLAVWVPVGASDNQDARTAATTTENHDGKVLHSNAALDSNLIYEGFSNFQPKATTH DELTNVVIAKNADVFNNWGITSFEMAPQYRSSGDHTFLDSTIDNGYAFTDRYDLGFNTPT KYGTDGDLRAAIQALHHANMQVMADVVDNQVYNLPGKEVVSATRAGVYGNDDATGFGTQL YVTNSVGGGQYQEKYAGQYLEALKAKYPDLFEGKAYDYWYKNYANDGSNPYYTLSHGDRE SIPADVAIKQWSAKYMNGTNVLGNGMGYVLKDWHNGQYFKLDGDKSTLPQI

Источники информации:
[1]: NCBI.NLM.NIH.GOV/refseq (Re-annotation project)
[2]: NCBI.NLM.NIH.GOV/protein (Protein)