Почему Refseq ID декстрансукразы не работает?
В прошлом семестре я столкнулся с проблемой касательно ID моего белка. Полностью я описал её уже тут. Единственное, что хотелось бы добавить, - это то, как же я искал свой белок в Uniprot. Зайдя на сайт NCBI, узнал новый ID для декстрансукразы (WP_041761905.1), однако, такого ID Uniprot не распознал, поэтому пришлось поискать с помощью названия фермента (декстрансукраза). Непонятно, почему сайт не узнаёт этот ID, однако даже в строчке DR нет строчки с названием Refseq.
Забегая вперёд, напишу, что строчка с PDB ID также отсутствует (см. табл. 1).

Рис. 1. Количество совпадений (Источник).

В таблице 1 показано количество белков в кластерах Uniref50, Uniref90, Uniref100. Сами эти кластеры представляют собой группу белков, объединённых по своей схожести. То есть в кластере Uniref100 содержится 1 белок, потому что 100%-схожий белок с анализируемым может быть только один, - сам белок (как правило). Что касается кластеров Uniref90 и Uniref50, ситуация аналогична. Полезно будет показать, какие организмы эволюционно ближе всего к Leuconostoc citreum KM20, если сравнивать последовательность только этого белка (см. рис. 1). Результаты ожидаемые: род Leuconostoc оказался самым близкородственным, несмотря на то, что совпадений больше у рода Streptococcus. Также, совпадение последовательности >90% характено только для Leuconostoc mesenteroides, причём декстрансукраза Leuconostoc citreum совпадает как с нативной, так и с мутантной формой фермента Leuconostoc mesenteroides.

Использованные команды:
• (1) - {name:dextransucrase}
• (2) - {name:dextransucrase taxonomy:"Leuconostocaceae [81850]"}
• (3) - {name:dextransucrase taxonomy:"Firmicutes [1239]"}
• (4) - {name:myoglobin taxonomy:"Ciliophora [5878]"} - 3 и {name:myoglobin taxonomy:"Fungi [4751]"} - 1
• (5) - {name:trypsin}
• (6) - {name:"trypsin inhibitor"}

Refseq ID не найден, задание 4 выполнить со своми белком не могу. Поэтому я решил взять белок однокурсницы, чтобы посмотреть, чем отличаются записи RefSeq и Uniprot. В результате можно сказать, что информация, представленная RefSeq, скуднее, чем Uniprot. Например в записи RefSeq отсутсвует молеклярная масса белка, описание его функций, ссылки на ID в других базах данных. Однако, присутствует сама последовательность белка, информация о сайтах связывания (в features), некоторые комментарии.
Для просмотра изменения истории взял свой белок. Всего насчитывается 52 версии. При сравнивании близких версий (50 и 52 например) можно заметить небольшие изменения, однако, если сравнить 52 и 1 версии, то различия уже куда значительнее. Такие строчки как DE, OS, RA, OC, GN и многие другие в ранней версии отсутствуют. Если сравнить версии, разница между которыми менее 3 лёт, критичных пробелов не обнаруживается, разве что добавляются некоторые идентификаторы DR.

Как обозначаются различные отхождения в химической структуре на Uniprot
• Нестандартные аминокислоты обозначаются 'NON_STD' в строчке 'FT'. Селеноцистеин принято обоначать буквой 'U', пирролизин - 'O'.
• Фосфорилирование отображается в формате 'text' в строчке 'FT', как 'MOD_RES...Phospho{name of amino acid}'. Чаще всего фософрилируются S, T, Y.
• Дисульфидные мостики обозначаются как 'DISULFID' в строчке 'FT'