Проверка дерева цитохрома b

Предлагалось проверить правильность построенного дерева в работе Schutz et al(2000). Для этого был сделан файл с выравниванием белков различных организмов, таких же как в статье. Далее при помощи MEGA было воспроизведено дерево с теми же входными параметрами (колонки с гэпами не учитывались, было построено 5000 бутстрэп-реплик). А также при помощи других методов - ME и UPGMA.


(Из-за того, что изображения деревьев слишком большие пришлось их расположить вот так, чтобы было удобно сравнивать)
Видно, что деревья, построенные при помощи методов ME и NJ почти не отличаются друг от друга, зато достаточно сильно отличаются от дерева в статье (далее дерево A).
Основные отличия ME, NJ от A: D.radiodurans в построенных деревьях не ответвляется сразу, а входит в группу с другими бактериями. A.aeolicus и H.pylori, C.vinosum и T.ferrooxidans не образуют нетривиальных ветвей, они стоят отдельно друг от друга.
Во всем же остальном деревья в целом похожи.

UPGMA дерево уже больше похоже на дерево A, как минимум потому что D.radiodurans ответвляется сразу, как и в статье.
Основные отличия UPGMA от А: такие же, как и в предыдущем случае, за исключением D.radiodurans.

Итог: видно, что в целом все деревья не сильно отличаются по топологии друг от друга, хотя какие-то различия есть. Наверно вариант укоренения, предложенный в статье, является неплохим. Однако, я бы выбрал дерево, которое построила MEGA, а именно NJ или ME, так как там нет четкого отделения D.radiodurans от всех остальных, что как мне кажется является более правдоподобным. (Chlorobium - зеленая серная бактерия, экстремофил, Deinococcus - экстремофил, поэтому на мой взгляд они должны находиться достаточно близко друг к другу на дереве, что и показывают нам деревья, построенные ME и NJ в MEGA)