Нахождение гидрофобных кластеров внутри гидролазы с PDB ID 3LFU

Для нахождения гидрофобных кластеров внутри структуры с PDB ID 3LFU был использован сервис CluD. Чтобы получить интерпретируемый результат, был изменен порог расстояния — с 5.4 на 5.0.
На картинке ниже проиллюстрирован результат нахождения гидрофобных кластеров внутри структуры: серым цветом обозначен ход цепи белка, а остальными цветами — наиболее крупные найденные гидрофобные кластеры (показано 5 кластеров из 22 найденных).
Как видно из картинки представленной выше, найденные наиболее крупные гидрофобные кластеры располагаются в визуально разделяемых субдоменах белка.

Нахождение гидрофобных кластеров внутри димера с PDB ID 1STR

Далее необходимо было показать гидрофобные кластеры между доменами димера, в качестве которого выбрал структуру с PDB ID 1STR. Изображение двух наиболее крупных гидрофобных кластеров из 20 найденных внутри структуры приведено ниже. Видно, что кластеры располагаются подоменно, как и предполагалось.
Так как структура представляет собой димер, было интересно посмотреть на гидрофобные кластеры между доменами. Результат проиллюстрирован ниже. Всего было найдено 7 небольших (максимальный размер гидрофобного кластера — 9 атомов) кластеров, из которых 5 показано различными, отличными от серого, цветами на картинке внизу. По-видимости, такое небольшое количество кластеров между доменами можно объяснить наличием иных взаимодействий, стабилизурющих структуру (например, электростатических). И действительно, если посмотреть на распределение отрицательно- (отображены на картинке внизу розовым цветом) и положительнозаряженных (отображены на картинке внизу синим цветом) аминокислотных остатков, видно, что эти остатки группирются между доменами.