Взаимодействие ДНК-геликазы II с белками из соседних ячеек

Кристаллографические характеристики из поля CRYST1 белка с PDB ID 3LFU:

	CRYST1  194.543   58.739   69.418  90.00  90.00  90.00 	P  21  21  2     4

где первые три числа - длины направляющих векторов кристалла, следующие 3 числа - углы между векторами, P и три числа правее (P 21 21 2) — кристаллографическая группа (в нашем случае возможно точное соответствие структуры при повороте на 180° и сдвиге на 1/2 трансляции), последнее число — количество цепей в элементарной ячейке.

Ниже — изображение части кристалла. Структуры уложены довольно простым образом — буквой W. Серым отображена молекула, относительно которой использовалась команда symexp.


Для того, чтобы посмотреть какое количество водородных связей может образовываться между молекулами, я выбрал три белка из других ячеек (покрашены розовым цветом). Взаимное расположение молекул проиллюстрировано ниже:


Между белком из "нашей" ячейки (отображен серым цветом) и тремя молекулами (отображены розовым цветом) из других ячеек были построены водородные связи (отображены синим цветом).

Видно, что количество связей не превышает 12 (первая и вторая картинки — 8, третья — 12). По-видимости, чтобы наблюдать какие-то природные взаимодействия, необходимо наличие довольно большого количества водородных свяей между белками хотя бы в каком-то относительном взаимном расположении белков. Кроме того, в литературе не было найдено никаких данных об олигомеризации белка, несмотря на довольно интенсивное изучение структуры в начале 10-ых годов.
Исходя из этого, можно сказать, что найденные контакты не позволяют сделать вывод о наличии каких-либо природных взаимодействий при ди- или олигомеризации.

Странное расположение белковых цепей

Я выбрал структуру 1mnm.
Вначале визуализировал саму структуру: виден конец α-спирали, уходящий в "пустоту".

Построил еще две молекулы, чтобы понять, куда уходит этот конец α-спирали. На рисунке ниже видно, что образуются контакты между остатками конца α-спирали и β-складкой. Таким образом, уходящий конец α-спирали в "пустоту", на самом деле контактирует с β-складкой белка в другой ячейке.

Несовпадение количества молекул в биологической и асимметрической ячейках

Пример структуры, у которой количество молекул в асимметрической ячейке — 1, а в биологической — 2 приведен ниже (5YS7). ЛЕВАЯ картинка — асимметрическая ячейка, ПРАВАЯ — биологическая. Видно, что в данном случае, белок представляет собой гомодимер.



Пример структуры, у которой количество молекул в асимметрической ячейке — 4, а в биологической — 2 приведен ниже (6HDV). ЛЕВАЯ картинка — асимметрическая ячейка, ПРАВАЯ — биологическая. В данном случае, белок также представляет собой гомодимер, однако асимметрическая ячейка содержит 4 таких гомодимера (левая картинка).