Использовался поиск по сходству структур в PDBeFold для структуры с PDB ID 3LFU. Были выбраны 3 структуры, прошедшие следующие пороги: по RMSD (от 0,8 до 2,5) и по длине выравнивания (50% от длины белка).
К сожалению, пришлось уменьшить процент наименьшего сходства при поиске в PDBeFOLD до 50 %, так как в выдаче не было даже 2 структур, подходящих по вышеперечисленным параметрам.
В таблице 1 содержится информация по выбранным структурам.

Таблица 1. Выбранные структуры
Q-score	RMSD	Длина выровненного участка (algn)	algn/длина белка, %	PDB ID
0.34	1.56	419	66.2	1uaa:B
0.33	1.74	424	67	4c30:I
0.57	1.86	559	88.3	1pjr:A

Было построено множественное структурное выравнивание — число выровненных остатков = 415, RMSD = 1.72, число выровненных SSEs = 28, Q-score = 0.3261. Ниже проиллюстрировано выравнивание, а также совмещение структур.


При помощи JalView получил изображение множественного выравнивания последовательностей, используя алгоритм Muscle. Результат проиллюстрирован ниже (fasta-файл).


Также, визуализировал полученное ранее структурное выравнивание. Результат представлен на рисунке ниже (fasta-файл).


Видно, что длина последовательностей в структурном выравнивании и выравнивании последовательностей неодинаковая. В принципе, это не имеет особого значения, так как основные различия сосредоточены на концах последовательностей — например, во всех 4 последовательностях, скачанных с PDB, на конце есть "дополнительные" 50-80 остатков.
Несмотря на такую "добавку", участки с консервативными остатками абсолютно одинаковы по длине. Единственное отличие — смещение всех последовательностей в структурном выравнивании на 1 позицию влево относительно множественного выравнивания последовательностей. В принципе это неудивительно, так как границы элементов вторичной структуры белка, размеченные в pdb файле, могут не совпадать с границами, размеченными другими программами.
Исходя из всего вышеперечисленного, можно заключить, что границы элементов вторичной структуры были размечены почти идентично, поэтому сделать вывод о том, что какой-то из методов правильный, а какой-то неверный, по крайней мере на этом примере, не представляется возможным.