Рис.1 Жизненный цикл Flavivirus (Источник)

Общие сведения:

Систематическое положение организма: [1]


• Viruses
• ssRNA viruses
• ssRNA positive-strand viruses
• Flaviviridae
• Flavivirus
• Tick-borne encephalitis virus group
• Royal Farm virus
• Karshi virus

Общая характеристика:

Вирус Карши (Karshi virus or KSIV) – представитель рода Флавивирус (Flavivirus), в который входят такие вирусы как Денге вирус (Denge virus), вирус Западного Нила (WNV). Переносчиками вируса являются клещи рода Орнитодорос (Ornithodoros), в частности Ornithodoros papillipes. [2] Пользуясь таблицей 1, нетрудно заметить, что геном вируса Карши кодирует полипротеин длиной 3416 а.о., который впоследствии нарезается на 11 белков, так же как у остальных вирусов комплекса клещевого энцефалита (ККЭ). Жизненный цикл вируса схож с жизненным циклом вирусов рода Flavivirus (см. рис. 1). Присоединение вируса к клетке-хозяину достигается благодаря прикреплению белка вирусной оболочки, гликопротеин Е, к поверхностному рецептору, который опосредует клатрин-медиаторный эндоцитоз. Репликация РНК Карши вируса подобна репликации позитивных (positive stranded) одноцепочечных РНК у других вирусов. Млекопитающие, комары и клещи служат в качестве естественных хозяев вируса. Чаще всего вирус переносится при укусе.

Биосвойства вируса:

При подкожном заражении белых мышей вирус проявляет себя как слабопатогенный (2,07 lg ЛД50/мл) и как среднепатогенный при внутримозговой инъекции (5,97 lg ЛД50/мл). Температура окружающей среды является одним из факторов, влияющих на скорость развития инфекционного процесса. Так при размножении вируса Карши в клеще-переносчике при 22 С вирусные частицы обнаруживались в клетках и просвете кишечника на 7-15 сутки после заражения, а при 37 С - через 24 часа после заражения. Вирус чувствителен к воздействию эфира и дезоксихолата натрия, что указывает на наличие в его составе липидной оболочки (см. рис. 2). Вирус Карши является пантропным с наиболее выраженным поражением центральной нервной системы млекопитающих животных. Распространяется вирус в организме животных гематогенным путём. Во всех случаях экспериментального заражения вирусом Карши животных был установлен менингоэнцефалит с выраженными изменениями в области аммонова рога (гиппокапм).

Рис.2 Общий план строения Flavivirus (Источник)

Значение для человека:

Вирус Карши является эндемичным для стран Средней Азии и Казахстана. Он является слабопатогенным для человека и вызывает лихорадочное заболевание. Описаны случаи заболевания лихорадкой Карши людей в Казахстане. Больным, инфицированным вирусом Карши через укус клеща, был поставлен диагноз острое респираторное заболевание. [3]

Таблица 1. Основные параметры генома Karshi virus [3]
Параметр	Значение
Латинское название вируса	Karshi virus
Русское название вируса	Вирус Карши
Количество фрагментов в полном геноме	1
Общая длина генома (п.н.)	10653
Количество кодируемых в геноме белков	1*

* Количество белков, кодируемых геномом вируса, равно 1, согласно сайту NCBI.[4] Однако полученный полипротеин является не полностью модифицированным, так как впоследствии нарезается на 11 узко специализированных белков.

Последовательность белка: [4]

>gi|62326810|ref|YP_224133.1| flavivirus polyprotein [Karshi virus] MAGKAILKGKGGNPPRQKPKVVAKKSRQRPTALPRALVLSRMLEIVWQVITMAPRSPALK TFWRIVPLQQAQAALKRIRKVVGSLLQNLQKRGKRRSAVDWTGAVTMVIVLPLCLALTMR SGDGGGTILRTEGKDAATQVRVGNGSCVILATDMGAWCDDSIAYECITIEPNEEPVDVDC FCRGVDNVWIEYGRCDRKSGGRSRRSVNIPVHVSKDLTGRGHTWLQGSNVKEHLTRVESW VWKNKVLVLAVSALVWVTIESVPMRIVLIIGGMLLAPAYASRCVHLENRDFVTGTQGTTA VTLVLELGGCVTLSAEGKPSIDLWLKSIHQDSLAITREYCLHAKLTDTKVAARCPTTGPA TLPEEHQKNMVCKRDQSDRGWGNHCGLFGKGSIVGCTKFDCEVNKKATGRVFDITKIVYT VKVEPHTGTYVAANETNSDRKSVEFTAQSEKKTISLGSYGEVGLSCRVNSGIDVDQTVVL ELEGQALHPKGWAVHKDWFGDLALPWKHHEAEIWEDKERLVEFGPPHAVKMDVYNLGDQT GILMRSLAGASVVDVQGTKVFLQSGHVTCNVGLEKLKLKGMTYSMCEEGKFAWKRPPTDS GHDTVVMEVTYTGTVKPCRIQVRAEAKGAPNVDVANLITPNPTIENEGGGYIEMQLPPGD NTIYIGNLHQAWFQKGSSIGRVFEKTRKGIQRLAAVGEHAWDFGSVGGFFGSIGKAVHMV LGGLFGVLFGGIGFIPKMLMGAALIWLGINMKNTTLSLSFLATGGLILMMTLGVGADQGC SIDSERMELRCGAGLAVWKETAEWYDGYAFHPESPGELAAALVEAAKNNVCGIVPQNRLE LAMWRSRRDEINLHLAEAEANLTVIVDKMNPSDYRGGIPGVLKKSGKAGQVSWSSWGRSI MWSIPEAQRRFYVGVLNVNECPLHNRLTGVFRVAEFGAGLQTKVFLDFQEKPTNICDSGV MGAAAKNGFAVHTDQSLWMKSRGNATGFYIQELHVMDLRNCTWPDEYTIDNKGVIESHLF LPVTLAGPRTMYNQIPGYAVQLSGPWNQTPLRVKREPCPGTEVKIDPGCPGRGASVRSTT ESGKVIPEWCCRTCTMPPVTFRSGTDCWYAMEIRPMHVQGGLVKSTVVACNGELMQEGGI PGMVAIFVVMEFLIRRRPGTGHSVIWSGILLLGLLVLRLVTVEQLIRYAISVGITFALQL GPEVTMLVALQAIFELRAGFLLAYVLGGMLTAREVVAVYFLLVTLEHGLPLEGFEQALNW IDAAAVGLLTVRACVQEGSQTKGLLLAGLMTMRSIMVVHRALMLSLGVLMCSTLVGLARG QSERKFLSWGVPMAALLGGQGAGLRLLAAWELMDHPKRRSIGEPVTLLGLMLAVTSGILR SSSQEALVALAAGAFLLLMLIIGTKKMQLVAEWTGIAEWNPELLNEGGEVNLTVRQDAMG NLHLKDVEKEERQMALFLLVGLAASAYHWSGILVTMGLWALLEYLTSPRRGELVFSGVGG RTENAPFEVKDGVYRIFRPGLFWGASQIGVGYGSHGVLHTMWHVTRGAAVSINGGAVGPY WADIREDVVCYGGAWNLPTKWEGEVVQLHAFPPGRAHEIKQCQPGRLNLGNGRVMGAIPF DLPKGTSGSPILNAQGVVVGLYGNGLKTKDTYVSGIAQGTPEVSGHEMPLVVQGTGWMSK GEITVIDMHPGAGKTHRVLPELIRQCIDRRLRTLILAPTRVVLREMEQALKGKKVRFHSP AVEAPPNRDAIVDVMCHATYVNRRLSPTGRQNWEVAIMDEGHWTDPHSIAARGHLYTLAK DKKCAFVLMSATPPGQNEPFPESKGPIISEEKAIPDGEWQNGFDWVTEYEGRTAWFVASI ARGAAIARTLRAKGKSVICLNSKTFEKDYHRVHEEKPDFVVTTDISEMGANFDVDRVIDG RNNIKPEEIDGAVELIGVRKVTTASAAQRRGRVGRKEGRTDRYVYSGQCDDDDSMLVQWK EAQMLLDNITTLRGMAAVFYGPEQERMPEVAGFYRLTEEKRKYFRHLLSQNDFTPWLAWH VAKNTAGPIDRSWTWEGPEGNAIEGQNGEVVRFRTPGGAEKILKPTWRDMRMFREGRDIR EFVQYASCRRGASELLMGMSEVPGLMRNRVLGAYDVFYTLLHENPGSRALKMAERDAPEA FLTLIEVVLLGLATLGFLWVFLLRGSLSRMALGVLVLLISLCLMWAGGMSYGHMAGVSLV FYAFLTVIQPEPGKQRSADDNRLAFTLLVLGLVIGTVAANELGWLERTKADLGQLLWKPT EEADRGGWTEWTNIDIQPARSWGTYVLVVSLFSPYMIHQMQTRVQRLVNSAVVSGGQTIR EIGGGAPFFGVKGHVITMGISSLVGATPLSLGIGVALAAFHLALVLSGLEAEFSQRVHKA IFAGMVKNPCVDGDLVNPFDGGEQKSALYERKLSLMLAVGLGALAVSLNRTAWALAEAGA LMVAAVGQLVSTEGEFWWTMPVACGMAGLARGCWWGVLPIAHRVWLRTSEPRRGGGAGDT LGDIWKSRLNACSKEDFFQYRRAHVLETDRTKARELLRRGETNMGLAVSRGTAKLAWLEE RGYATVKGEVVDLGCGRGGWSYYAASRPTVLSVKAYTIGGKGHEEPRMVTSLGWNLVKFR SGMDVFSMEAHRADTVMCDIGESDPDPEKEGERSRRVIQLMSRWKQRNPDASCVFKVLAP YRPDVIEALHRFQLLWGGGLVRNPFSRNSTHEMYYTTGVCGNIINAVNVTSKRLLSRYGD AAGPVLVPEVDLGTGTRCVALASDVVKPKDVEERINALKRQYSDTWHVDKEHPYRTWQYW GSYRTAATGSAASLINGVVKLLSWPWNSREDVARMAMTDTTAFGQQRVFKDKVDTKAQEP QPGTRIIMRAVSDWLIDRLAKERPPRMCTREEFCSKVRSNAALGAWSDDQNKWKSAKEAV EDPAFWNLVDEERELHRQGRCSQCVYNMMGKREKKLGEFGSAKGSRAIWYMWLGSRFLEF EALGFLNEDHWASREACGAGVEGTSLNYLGWLLAGLGKLPGGKFYADDTAGWDTRVTNAD LEDEEQLLRHMSGEHRVLAKTIFEKAYHAKVVKVARPSPEGGCVMDIITRRDQRGSGQVV TYALNTLTNVKVQLIRMMEGEGVIGPSDAQDPRLRRVEQWLHAHGAERLTRMLVSGDDCV VRPIDDRFGTALYFLNDMAKVRKDIGEWEPSIGFARWEEVPFCSHHFHELAMKDGRTLIV PCRDQDELVGRARVSPGCGWSVRETACLSKAYAQMWLLSYFHRRDLRTLGFAICSSVPVD WVPTGRTTWSIHASGAWMTTEDMLSVWNKVWIEDNPHMRDKTRVDAWRDIPYLPKSQDML CASLIGHTERADWARHIWTGVMKVRAMIGRETYVDYLSHMDRHEAPWLPVYESSII

Источники информации:
[1]: NCBI.NLM.NIH.GOV/taxonomy (Taxonomy)
[2]: Turell MJ, Experimental Transmission of Karshi (Mammalian Tick-Borne Flavivirus Group) Virus by Ornithodoros Ticks >2,900 Days after Initial Virus Exposure Supports the Role of Soft Ticks as a Long-Term Maintenance Mechanism for Certain Flaviviruses, 2015 Aug 18.
[3]: Olga Lyapina, Structure and analysis of the Karshi virus genome, 2006.
[4]: NCBI.NLM.NIH.GOV/protein (Polyprotein)