Изображение выравниваний

Задание 1. Построение множественного выравнивания

Данные мне в задании шесть идентификаторов я указала в Retrieve/ID mapping на сайте Uniprot^[1], после чего скачала последовательности всех шести белков одним файлом, использовав опцию Download all -> Format:FASTA.

Распаковав архив .gz, извлекла файл формата .fasta и открыла его в Jalview. Далее построила выравнивание Muscle с параметрами по умолчанию, используя Web Service -> Alignment -> Muscle with Defaults.

Задание 2. Удаление лишней последовательности

Для выполнения задания я использовала раскраску по схеме BLOSUM62 (выбрав её в меню Colour) c порогом по консервативности, по умолчанию настроенным на 30% (Colour -> By conservation), после чего я пробовала удалять каждую из шести последовательностей. Не гомологичной остальным являлась та, после удаления которой количество консервативных колонок значительно возросло. Это была шестая последовательность с идентификатором B4U911_HYDS0.

После удаления лишней последовательности, в выравнивании остались пять предположительно гомологичных последовательностей. Я удалила N- и С-концы последовательностей, которые не являлись гомологичными. Результат можно видеть на изображении ниже.

Дополнительные файлы

1. Выравнивание из Задания 2 — в формате FASTA; MSF.

2. Проект в Jalview в формате JVP.