Uniprot и RefSeq Protein
Задание 1. Информация о белке цистеин-сульфотрансфераза E.coli
| Информация о белке из баз данных | |
| Uniprot ID | ISCS_ECOLI |
| Uniprot AC | P0A6B7; P39171; P76581; P76992; Q8XA86; |
| RefSeq ID | WP_001295373.1 (старый ID: YP_026169.1) |
| PDB ID | 1P3W |
| Длина (а.о.) | 404 |
| Молекулярная масса (а.е.м.) | 45090 |
| Uniprot RecName (Full) | Cysteine desulfurase IscS |
Дополнительная информация из Uniprot:
- структура известна для всего белка
- существование белка подтверждено экспериментально (evidence at protein level)
- в файлах PDB структура представлена двумя цепями
- первая версия последовательности была опубликована 07-JUN-2005
- альтернативные названия белка — NifS protein homolog; ThiI transpersulfidase; TusA transpersulfidase
- белок выделен из организма Escherichia coli
- таксономическое положение E.coli (Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia)
- основная функция белка — катализ реакции отщепления атома серы от цистеина, идущей с образованием аланина
- механизм катализируемой реакции: L-cysteine + acceptor = L-alanine + S-sulfanyl-acceptor
- кофактор — пиридоксаль-5'-фосфат (витамин В6)
- является белком цитоплазмы
- белок кодируется в гене iscS
Задание 2. Описание кластеров Uniref для изучаемого белка
| Cluster | Cluster ID | Cluster size (protein number) | Cluster name | Некоторые роды организмов-источников белков кластера |
| UniRef50 | UniRef50_Q8SQS2 | 1185 | Cysteine desulfurase, mitosomal | Encephalitozoon; Phaeospirillum; Eremothecium; Terriglobus; Mitosporidium |
| UniRef90 | UniRef90_Q6D259 | 885 | Cysteine desulfurase IscS | Pectobacterium; Klebsiella; Enterobacter |
| UniRef100 | UniRef100_A7ZPX4 | 294 | Cysteine desulfurase IscS | Escherichia |
Задание 3. Результаты сеансов поиска в Uniprot
#1
Поисковой запрос name:cysteine name:desulfurase gene:iscs
Результаты нашлось 4738 белков, из них 169 рецензированы Swiss-Prot.
#2
Поисковой запрос name:cysteine name:desulfurase gene:iscs taxonomy:enterobacteriaceae
Результаты нашлось 830 белков, из них 54 рецензированы Swiss-Prot.
#3
Поисковой запрос name:cysteine name:desulfurase gene:iscs taxonomy:proteobacteria
Результаты нашлось 3183 белка, из них 155 рецензированы Swiss-Prot.
По результатам трёх сеансов поиска можно сделать вывод о том, что изучаемый белок распространён главным образом у представителей отдела Proteobacteria. При этом рецензированные Swiss-Prot записи о белках из представителей семейства Еnterobacteriaceae составляют более 90% от общего числа всех рецензированных записей по этому белку.
#4
- name:cytochrome — найдено 1 183 762 белка, из них 7464 рецензированы Swiss-Prot
- name:cytochrome taxonomy:phaeophyceae — найдено 2376 белков, из них 3 рецензированы Swiss-Prot
- name:cytochrome taxonomy:arthropoda — найдено 519 108 белков, из них 230 рецензированы Swiss-Prot
#5
name:trypsin name:inhibitor
Найдено 2558 белков, из которых 203 рецензированы Swiss-Prot.
По обычному запросу name:trypsin Uniprot выдаёт 11 309 результатов, в том числе и 301 Swiss-Prot.