Визуализация металл-связывающего белка археи A. fulgidus в Jmol
Управление скриптом[1] для встроенного апплета-визуализатора J(S)Mol осуществляется при помощи кнопок, расположенных непосредственно под ним. По умолчанию данный апплет загружает из банка данных RCSB PDB информацию о белке, с которым я работаю (PDB ID: 4EB5_A), и демонстрирует его структуру. Этот белок относится к трансферазам / металл-связыващим белкам и имеется, в частности, у археи Archaeoglobus fulgidus.
Таблица 1 содержит некоторые параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода. Даные получены при помощи JMol. В частности, инструментами Measurements.
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными | |||
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(262ARG)-O(258ALA) | 2.92 | 164.7 |
| 2 | N(266ASP)-O(262ARG) | 2.99 | 147.4 |
| 3 | N(254TRP)-O(250THR) | 2.95 | 151.4 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(56PHE)-O(36LEU) | 2.71 | 170.2 |
| 2 | N(38THR)-O(54GLN) | 2.89 | 158.7 |
| 3 | N(50ASP)-O(42LYS) | 3.30 | 135.6 |
Полученные данные позволяют сделать некоторые выводы о параметрах, типичных для водородных связей вторичных структур белка. Хорошо прослеживается закономерность, которой, с некоторыми отклонениями, но всё же подчиняется длина связи. Она довольно близка к 3Å (трём ангстремам). Стоит также отметить то, что указанные длины в альфа-спиралях колеблются около этого значения намного меньше, нежели в бета-тяжах.
Углы N-O-C имеют слишком большой разброс, но, тем не менее, можно с уверенностью говорить о том, что они являются тупыми и в среднем составляют 150°.
Полученные данные хорошо соотносятся с теоретически известными. А именно: длина водородной связи стремится к 3Å, а угол — к развёрнутому. Длина действительно достаточно близка к трём, а вот углы сильно отклоняются от заявленного значения в 180°. Это может быть связано со взаимным влиянием между атомами такой большой молекулы, как рассматриваемый белок. При этом достижение максимальной силы связи происходит при немного меньшем, чем 180° угле, что, собственно, и подтверждают мои результаты.
[1] ссылка на скрипт