УЧЕБНЫЙ САЙТ
Буяновой Мишель
ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ
И БИОИНФОРМАТИКИ МГУ им. М.В. ЛОМОНОСОВА
Семестр IV Семестр III Семестр II Cеместр I

Визуализация металл-связывающего белка археи A. fulgidus в Jmol

Управление скриптом[1] для встроенного апплета-визуализатора J(S)Mol осуществляется при помощи кнопок, расположенных непосредственно под ним. По умолчанию данный апплет загружает из банка данных RCSB PDB информацию о белке, с которым я работаю (PDB ID: 4EB5_A), и демонстрирует его структуру. Этот белок относится к трансферазам / металл-связыващим белкам и имеется, в частности, у археи Archaeoglobus fulgidus.


Таблица 1 содержит некоторые параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода. Даные получены при помощи JMol. В частности, инструментами Measurements.

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными
атомами во вторичной структуре

# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1 N(262ARG)-O(258ALA) 2.92 164.7
2 N(266ASP)-O(262ARG) 2.99 147.4
3 N(254TRP)-O(250THR) 2.95 151.4
Бета-тяжи
1 N(56PHE)-O(36LEU) 2.71 170.2
2 N(38THR)-O(54GLN) 2.89 158.7
3 N(50ASP)-O(42LYS) 3.30 135.6

Полученные данные позволяют сделать некоторые выводы о параметрах, типичных для водородных связей вторичных структур белка. Хорошо прослеживается закономерность, которой, с некоторыми отклонениями, но всё же подчиняется длина связи. Она довольно близка к 3Å (трём ангстремам). Стоит также отметить то, что указанные длины в альфа-спиралях колеблются около этого значения намного меньше, нежели в бета-тяжах.

Углы N-O-C имеют слишком большой разброс, но, тем не менее, можно с уверенностью говорить о том, что они являются тупыми и в среднем составляют 150°.

Полученные данные хорошо соотносятся с теоретически известными. А именно: длина водородной связи стремится к 3Å, а угол — к развёрнутому. Длина действительно достаточно близка к трём, а вот углы сильно отклоняются от заявленного значения в 180°. Это может быть связано со взаимным влиянием между атомами такой большой молекулы, как рассматриваемый белок. При этом достижение максимальной силы связи происходит при немного меньшем, чем 180° угле, что, собственно, и подтверждают мои результаты.


[1] ссылка на скрипт