Неканонические пары оснований с цитозином

Для изображения возможных пар использовалась программа MarvinSketch.

Файл формата [mrv] доступен для скачивания.

Рис. 1. Каноническая пара C≡G

Рис. 2. Неканонические пары оснований с цитозином

Неканонические пары С=Т не показаны. Они могут быть получены простым добавлением метильного радикала к С5 атому урацила. (Метил не задействуется в образовании водородных связей, поэтому C=T пары аналогичны С=U).

Случаи с образованием одной водородной связи между основаниями не рассматривались. Их очень много, и они не несут существенного вклада в стабилизацию структуры нуклеиновой кислоты, могут образовываться случайно.

Комментарии

• Пары 1-5 (С=С, C=U/C=T) являют собой пары пиримидинов. Появление пары пиримидин-пиримидин приводит к тому, что остовы цепей сближаются сильнее, нежели при образовании пурин-пиримидиновой канонической пары, поскольку пиримидиновые основания меньше в размерах, нежели пуриновые. Это приводит к некоторому нарушению геометрии в ближайших парах оснований, даже если они являются каноническими.
• Пары 4,5 (C=U/C=T) можно назвать менее вероятными, потому что, помимо вышесказанного, появляется фактор взаимного отталкивания карбонильных кислородов. Это мешает образованию водородных связей. Похожая ситуация происходит в 1-ой паре С=С, поскольку там рядом оказываются N3 атомы.
• Пары 6-9 (C=G) интересны тем, что соединение цитозина с гуанином, которое может быть каноническим, происходит "не по правилам". В таких случаях нужно иметь в виду, что нежелательным изменениям подвергаются связи, соединяющие основания с остовом. Сами эти связи не показаны, но можно опираться на взаимное расположение N-атомов, которые способны к формированию N-гликозидной связи.
• К парам 10,11 (C=A) применимы выводы предыдущего пункта.