Филогенетические деревья

Мною были отобраны 7 видов бактерий из отдела фирмикут. Соответствующие мнемонические обозначения приведены в Таблице 1. Также в ходе выполнения заданий второго практикума для каждого вида была добавлена полная таксономия^[1].

Таблица 1. Отобранные виды

Вид бактерии	Мнемоника	NCBI Taxonomy
Staphylococcus aureus	STAAR	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Staphylococcus epidermidis	STAES	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus	LACDA	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus; Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus acidophilus	LACAC	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Finegoldia magna	FINM2	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Tissierellia; Tissierellales; Peptoniphilaceae; Finegoldia
Enterococcus faecalis	ENTFA	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Geobacillus kaustophilus	GEOKA	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus; Geobacillus thermoleovorans group

Приведенное ниже изображение в формате [png] было получено при работе с программой MEGA 7, на вход которой подавалась скобочная формула дерева в файле формата [tre].

Рис. 1. Филогенетическое дерево

Скобочная формула дерева

(FINM2,(((LACDA,LACAC),ENTFM),(GEOKA,(STAAR,STAES))));

Список нетривиальных ветвей

{STAAR, STAES} против {GEOKA, ENTFA, LACAC, LACDA, FINM2}
выделяет таксон Staphylococcaceae — {STAAR, STAES}
{LACDA, LACAC} против {FINM2, ENTFA, GEOKA, STAAR, STAES}
выделяет таксон Lactobacillaceae — {LACDA, LACAC}
{GEOKA, STAAR, STAES} против {ENTFA, LACAC, LACDA, FINM2}
выделяет таксон Bacillales — {GEOKA, STAAR, STAES}
{LACDA, LACAC, ENTFA} против {FINM2, GEOKA, STAAR, STAES}
выделяет таксон Lactobacillales — {LACDA, LACAC, ENTFA}

На основаниии таксономических данных был сделан вывод о том, что все четыре нетривиальные ветви выделяют свои таксоны. Для наглядности их названия были добавлены к изначальному дереву, а сами ветви выделены зелёным цветом.

Рис. 2. Таксоны нетривиальных ветвей

[1] NCBI Taxonomy