Биологическая единица

Для поиска структур, в которых асимметрическая единица не совпадает с биологической сборкой, использовались возможности Advanced Search сервиса PDB^[1].

На Рис. 1 приведена асимметрическая единица структуры человеческого аквапорина-7 (PDB ID: 6QZI). Также проиллюстрированы границы кристаллографической ячейки. На Рис. 2 проиллюстрирована биологическая сборка аквапорина-7, состоящая из четырех асимметрических единиц. Одна из них выделена розовым.

Биологической сборкой можно назвать только минимальную функционирующую единицу. Таковой для аквапорина является его тетрагомомерное состояние.

Рис. 1. Асимметрическая единица структуры 6QZI	Рис. 2. Биологическая сборка структуры 6QZI

На Рис. 3 приведена асимметрическая единица структуры монооксигеназы/метилтрансферазы, кодируемой геном psoF, из плесневого гриба Neosartorya fumigata (PDB ID: 6KJG). Она состоит из трех цепей. На Рис. 4 проиллюстрирована биологическая сборка белка psoF, содержащая лишь одну цепь.Стоит отметить, что входящие в состав асимметрической единицы 3 цепи структурно похожи, но не являются идентичными копиями.

Рис. 3. Асимметрическая единица структуры 6KJG	Рис. 4. Биологическая сборка структуры 6KJG

Стоит отметить, что оба приведенных примера несоответствия асимметрической единицы и биологической сборки были валидированы экспериментально. То есть для подтверждения функциональной активности биологической сборки были проведены дополнительные эксперименты. Это указано в соответствующем разделе на странице PDB, и потому рассматриваемые случаи не являются артефактами.