Вторичная структура

Для предсказания использовалась программа DSSP. Выдача для структуры PDB ID 5W0H доступна по ссылке.

Расшифровка символов в номенклатуре DSSP:

H - α-спираль
B - остаток в отдельном β-мостике
E - тяж, участвующий в β-листе
G - 3₁₀ спираль
I - π-спираль
T - поворот
S - изгиб

Заголовок PDB-файла содержит следующую информацию о вторичной структуре:

HELIX    1 AA1 ASN A  271  SER A  281  1                                  11    
HELIX    2 AA2 ASP A  309  ASN A  321  1                                  13    
SHEET    1 AA1 4 LEU A 285  LYS A 292  0                                        
SHEET    2 AA1 4 SER A 299  TYR A 307 -1  O  GLU A 306   N  LYS A 286           
SHEET    3 AA1 4 LYS A 260  GLY A 264 -1  N  ILE A 263   O  ALA A 303           
SHEET    4 AA1 4 LEU A 331  ARG A 334 -1  O  LEU A 331   N  GLY A 264           
SHEET    1 AA2 2 GLN A 324  LEU A 325  0
SHEET    2 AA2 2 LYS A 328  LYS A 329 -1  O  LYS A 328   N  LEU A 325

Таким, образом, элементы вторичной структуры по версии PDB:

альфа-спираль 271-281 (по DDSP: 272-280, а 281-ый остаток Ser уже считается T-поворотом вместе с Phe282; для Gln271 вторичная структура не присвоена)
альфа спираль 309-321 (аналогично, по DDSP: 310-320, а 321-ый остаток Ser уже считается T-поворотом вместе с Gly322; для Asp309 вторичная структура не присвоена)
бета-лист #1 с антипараллельными 4 тяжами:
- 285-292 (по DSSP ровно так же ,"E")
- 299-307 (по DSSP ровно так же, "E")
- 260-264 (по DSSP ровно так же, "E")
- 331-334 (по DSSP ровно так же, "E")
бета-лист #2 c антипараллельными 2 тяжами (по два остатка в каждом):
- 324-325 (по DSSP ровно так же, "E")
- 328-329 (по DSSP ровно так же, "E")

Таким образом, в моем случае не возникло никаких проблем с определением бета-тяжей, даже в случае, когда они состояли из 2 остатков. В свою очередь, спирали DSSP определял, обрезая остатки с начала и конца, причем конечный остаток в паре со следующим за ним в цепи был определен как Т-поворот. Изображение альфа-спирали #2 (309-321 по PDB) приведено на Рис. 1.

Рис. 1. Спираль 309-321

Зеленым отмечены остатки, не вошедшие в спираль по версии DSSP. Для каждого из них показан партнер в спирали по правилу i-->i±4 и соответствующая водородная свзь между остовными атомами, что говорит в пользу вхождения начального и конечного остатков в спираль.