Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

1. Разюивка на два мономера. Исходный SMILES: СОССОС. Мономер: СОС.
   
2. Полученные в процессе работы файлы: PDB, P2N, MOL2
   
3. Запись для остатка (rtp) в силовом поле amber99sb
   Запись для глицина расположена в файле amber99sb.ff/aminoacids.rtp
   Добавим описание связей нашего мономера (EGL). Получим aminoacids.rtp
   


4. Подготовка системы к МД и запуск счёта с шагом lambda 0.1.
   Для начала получим структуру димера из smi файла DIMER