Исходными данными являлись файлы box_38.gro и измененный для 1 молекулы et.top
При подготовке были получены индексные файлы и файлы координат: 1.ndx, et1.gro, et.gro
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
et_be.pdb - малые колебания по длине связи + вращение молекулы, при увеличении скорости, амплитуда колебаний уменьшается. Данный термостат врятли обеспечивает постоянную энергию.
et_vr.pdb - малые колебания и вращение по длине связи.
et_nh.pdb - малые колебания и вращение по длине связи, амплитуда колебаний не высока.
et_an.pdb - малые колебания по длинам связей и валентным углам. Молекула не вращается. Система отлично поодходит для низких температур.
et_sd.pdb - сильные колебания и вращения.
Средствами Gnuplot построены графики потенциальной энергии связи и кинетической энергии (красным - потенциальная, зеленым - кинетическая), а так же распределения С-С связи.
 et_be.xvg |  bond_be.xvg |
 et_vr.xvg |  bond_vr.xvg |
 et_nh.xvg |  bond_nh.xvg |
 et_an.xvg |  bond_an.xvg |
 et_sd.xvg |  bond_sd.xvg |
На распределение больцмана похожи vr и nh, однако nh кажется более правдоподобным, так как vr имеет одтельные точки, выбивающиеся из распределения.