Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Вычисление параметров для молекулярной механики

1. Определение зависимости энергии молекулы этана от длины связи C-C
   
   Предоставленная оптимизированная структура этана лежит в файле: Ethane, скрипт для обработки данной структуры: Script
   Результатом выполнения данного скрипта является набор значений длинн и энергий С-С связей.
   Зависимость энергии от длины и апроксимация функцией вида f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами:
   

   Final set of parameters            Asymptotic Standard Error
   =======================            ==========================
   
   a               = -79.7652         +/- 0.0004522    (0.000567%)
   k               = 0.563608         +/- 0.02335      (4.142%)
   b               = 1.55432          +/- 0.002455     (0.1579%)
         

   
   представлена на графике:
   
   
   


2. Определение зависимости энергии молекулы этана от значения валентного угла HCH
   
   Предоставленная оптимизированная структура этана лежит в файле: Ethane, скрипт для обработки данной структуры: Script
   Результатом выполнения данного скрипта является набор значений валентных углов и энергий.
   Апроксимация функцией вида f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b прошла намного успешней, она представлена на графике:
   
   
   


3. Определение зависимости энергии молекулы этана от значения торсионного угла d3
   
   Предоставленная оптимизированная структура этана лежит в файле: Ethane, скрипт для обработки данной структуры: Script
   Результатом выполнения данного скрипта является набор значений торсионных углов и энергий.
   Логична апроксимация вида f(x)=a + k*cos(n*x), однако параматры подобрать не удалось:
   
   
   Количество минимальных значений 4, однако 2 из них совпадают, поэтому минимумов 3.