Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

1. 3D структура порфирина
   
   

   Obgen. Заметно, что ароматическая структура не плоская, не смотря на то, что приходилось вручную удалять 2 водорода.	Mopac; PM6. Порфирин идеально плоский.



2. Возбужденные состояния порфирина и спектр поглощения молекулы.
   

   STATE   ENERGY (EV)	Wavelength (nm)     
   
   1+	0,000000    
   2	1,914702	647,5378048868
   3	2,267035	546,9002155204
   4	2,464369	503,1072579197
   5	2,826105	438,7104973426
   6	3,364596	368,49652383
   7	3,392207	365,4971321303
   8	3,669208	337,9045096632
   9	3,871497	320,248712602
         

   
   Спектр поглощения от красного, до ультрафиолетового.


3. Оптимизация 1,4-бензохинона
   

   Cтруктура, полученная obgen, выделена желтым, а Mopac - зеленым. Полученные C-C связи в obgen короче связей в Mopac	Исходная структура выделена красным, измененная - зеленым. При добавлении отрицательных зарядов структра кольца и длина C-O связей искажается



4. Тиминовые димеры
   
   

   Исходная структура тиминового димера. PDB	Оптимизация Morac, заряд 0. E = -3273.58217 EV. PDB	Оптимизация при заряде +2. E = -3253.90755 EV PDB	Оптимизация и возвращение к заряду 0. E = -3273.69464 EV. PDB

   
   Возвращение к исходной струкутуре энергетически не выгодно. В процессе оптимизации произошла релаксация тиминовых остатков.