Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Моделирование самосборки липидного бислоя

1. Основные параметры
   
   • Силовое поле используемое при построении топологии - ffgmx
     
     
   • Заряд системы - 0
     
     
   • Размер и форма ячейки - параллелепипед 6.2x4.443x5.778 нм
     
     
   • Минимизация энергии:
     Алогритм минимизации энергии - l-bfgs
     Алгоритм расчёта электростатики - Cut-off
     Алгоритм расчёта электростатики Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий - Cut-off
     
     
   • Модель, которой описывался растворитель - spc.itp
     
     
   • Утряска растворителя:
     Число шагов - 10000
     Длина шага - 0.001 ps
     Алгоритм расчёта электростатики - PME
     Алгоритм расчёта Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий - Cut-off
     Алгоритм термостата - Berendsen
     Алгоритм баростата - нет
     
     
   • Основной расчёт МД:
     Количество процессоров - 16
     Длина траектории - 50000 ps
     Число шагов - 10000000
     Длина шага - 0.005 ps
     Алгоритм интегратора - md
     Алгоритм расчёта электростатики - PME
     Алгоритм расчёта Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий - Cut-off
     Алгоритм термостата - Velocity rescale
     Алгоритм баростата - Berendsen
     
     
2. Визуальный анализ молекулярной динамики
   
   

   Начальное состояние системы	t=14500. Формирование шара с полостью внутри	t=25000. Образование билипидного слоя	t=34500. Формирование билипидного слоя



3. Площадь занимаемая одним липидом и изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности.
   
   Основываясь на полученных данных box_1.xvg высчитываем, что средняя площадь 1 липида в бислое - примерно 0,732480887 нм².
   В файле sas_b.xvg содержится информация о гидрофобности и гидрофильности. На графике видно, что для снижения энергии системой при образовании бислоя происходит уменьшение как гидрофобной, так и гидрофильной поверхностей
   
   


4. Мера порядка
   
   

   start	end


Подвижность гидрофобного хвоста больше гидрофильной головы.