Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики

1. Расчёт точечных зарядов
   
   Исходными данными являлся LOG файл: Ethane, при помощи babel и скрипта Ante_RED.pl был получен ряд файлов: et.com, et-out.p2n, et-out.pdb, et-info.txt
   Результатом обработки et-out.p2n является Mol_m1-o1.mol2, как раз и содержащий информацию о координатах и зарядах атомов.
   


2. Создание файла описания молекулы этана в формате пакета программ GROMACS
   
   Согласно заданным инструкциям, поэтапно собираем файл et.top. На его основе создаем 7 файлов топологии.
   


3. Моделирование и расчеты испарения этана.
   
   На основе скрипта et.bash и полученных txt файлов установим среднее значение энергии для каждого значения epsilon водорода.

    
                        Жидкая фаза                                Газ
                                                    
                   LJ	         Coulomb             LJ	                 Coulomb    
   1.00000	     -251.422	       0.00256637    	-0.000226611	       3.88656e-05
   .12500	     -30.1383	       0.000353488   	-0.000158006	       3.88624e-05
   .03703	     -6.15493	       9.92205e-05   	-0.000141295	       3.88873e-05
   .01562 	     -1.91741	       0.000110456   	-0.000134442	       3.88712e-05
   .00800 	     -3.41355	       0.000190384   	-0.000130724	       3.88739e-05
   .00462 	     -2.24903	       0.000159081   	-0.000128606	       3.88878e-05
   .00291 	     -1.77458	       0.000104128   	-0.000127078	       3.88854e-05
   

   
   Как вывод к полученным данным, отметим, что вклад кулоновских сил по сравнению с VdW незначителен. Для воспроизведения энтальпии испарения этана, epsilon водорода должна лежать в диапозоне от 0.01562 до 0.03703.