Hа Главную
Первый Семестр
Kodomo Home

Пространственная структура IDI2_BACSU (PDB ID IP0K)

Заголовок структуры: ISOMERASE 10-APR-03 1P0K

Название структуры: IPP:DMAPP ISOMERASE TYPE II APO STRUCTURE

В документе представлены следующие цепи макромолекул:
Идентификатор цепи Число остатков Название молекулы Комментарии
A 349 DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE ISOMERASE FROM BACSU
(Диметилалил Дифосфат Изомераза)		 EXPERIMENT TYPE: X-RAY DIFFRACTION
(Ренгеноструктурный анализ)
B 349

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
ID Название Формула Число молекул
PO4 PHOSPHATE ION (Фосфат Йон) PO43- 2
HOH WATER (Вода) H2O 538
На данном изображении белок отображен в модели WIREFRAME, разными цветами отмечены разные полипептидные цепи, фосфат ион окрашен в зеленый цвет и представлен в виде модели SPACEFILL, молекулы воды в виде модели SPACEFILL окрашены в желтый и красный цвета (принадлежат цепям A и B соответственно). A B
   

Более подробно узнать о белке можно при помощи скрипта, скачать ктоторый можно тут

Дополнительное задание

  1. Общая форма и размеры белка THIM_Bacsu

    1. Структура белка напоминает половину фигуры Тор


    2. Размеры белка
      • Ограничим белок IDI2_Bacsu цилиндром высоты 84.81Å(расстояние между aтомами: GLU200A.0E2-GLU200B/0E2) и радиусом основания 21.20Å (половина расстояния между атомами GLU297A.0E1 и LYS99A.CE). Объем полученного цилиндра находим из формулы - V=πR2H, где R - радиус основания цилиндра, а H - высота цилиндра. Объем одной молекулы белка IDI2_Bacsu примерно равен 119748.1Å3 или что равно 1.197*10-7μm3
      • Ограничим клетку Escherichia coli цилиндром r=0.5μm и h=2μm. Тогда объем одной клетки Escherichia coli равен 1.57μm3
      • Максимальное количества молекул белка, которые могут поместится в одну клетку Escherichia coli, находится по формуле отношения объема клетки на объем одной молекулы белка, т.е. n=Vклетки/Vмолекулы
        В одной клетке одновременно могут находится примерно 13116123 молекул белка
      • Пусть в одной клетке все 4400 белков были синтезированы одновременно и в равных количествах, причем размер белков равен размеру белка IDI2_Bacsu, тогда каждый белок будет представлен примерно 2980 молекулами. (n=Vклетки/(Vмолекулы*4400))Б
      • Длина волны видимого света λ=380 - 760 нм. Предел разрешения светового микроскопа λ/2=(380+760)/2/2=285*10-9м;
        Для того чтобы объект был виден под световым микроскопом,его размеры должны быть не меньше 380 нм. Для составления такой цепочки понадобится приблизительно 285/8~36 молекул белка. Для того чтобы молекула была видна микроскопу, ее размер должен быть хотбы 36х36 молекул, тоесть не меньше 1296 молекул белка.

  2. Трехмернная структура аргинина

    Изображение полученное с помощью программы RasMol Изображение полученное с помощью ACDChemSketch

    Отличия в изображениях, полученных с помощью RasMol и ACD ChemSketch заключаются в следующем:
© Кузнецов Виктор Петрович