Hа Главную
Первый Семестр
Kodomo Home

Исследование вторичной структуры белка IDI2_BACSU

1. Общее описание вторичной структуры белка IDI2_BACSU (на примере цепи A)
   

   Структура и ее цвет на рисунках	α-спирали	β-листы	β-повороты
   Количество в цепи A	16	14	26

   Данный белок относится к группе α/β, так как его основу составляет весьма правильная фигура KEG. При определении группы белка опустим наличие "хвоста", состоящего из двух α-спиралей и двух β-складок. 1 "Xвост", из двух α-спиралей и двух β-складок 2 KEG



2. Выбор элементов вторичной структуры.
   
   • α-спираль [280-314]
   • Антипараллельные β-тяжи [47-49][52-54]
   • Параллельные β-складки [119-124][143-148][181-186]
   • β-поворот [50-51]


3. Свойства α -спирали
   
   • Изображения выбранной мной α -спирали в цепи A и отдельно (окрашена в красный цвет)
     К сожалению в PDB файле самая длинная α -спираль оказалась состоящей из друх α -спиралей, но всеже исследуем ее свойства
     
   
   
   • Водородные связи в α -спирали
     
   
   

   Тип молекулы	Её цвет и вид
   N	Участок цепи
   Cα	Участок тяжа
   C	Участок тяжа
   O	Участок цепи
   Cβ	Шар

   
   
   1. Описание рисунка
      Каждый С_n атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода.
      
   2. Паттерн водородных связей
      H(n,n+3), где n -номер аминкоислотного остатака которому принадлежит атом кислорода, а n+3 - номер аминокислотного остатка, которому принадлежит атом азота. Для крайних цепей также выполняется H(n, n+4)
      
   3. Расположение С_β атомов
      С_β распологаются снаружи мнимого цилиндра, причем большинство атомов направлено к N-концу α-спирали (за исключением атомов 290SER:A.CB и 292GLU:A.CB, которые направлены к С-концу α-спирали, да и то скорее всего этот поворот обусловлен поворотом α-спирали)
      
   
   
4. Свойства β -структуры
   
   • Параллельная β -структура
   • Ленточная модель
     
   • Водородные связи
     
     

     Тип молекулы	Её цвет и вид
     N	Участок тяжа
     Cα	Участок тяжа
     C	Участок тяжа
     O	Участок тяжа
     Cβ	Шар

     
     
     1. Описание рисунка
        Каждый С_n атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода.
        
     2. Паттерн водородных связей
        Водородные связи весьма различны но все же подчиняются последовательностям H(n+2k, m+2k), H(m+2k,n+2+2k), где m - номер аминокислотного остатка, атом кислорода которого участвует в образовании водородной связи, n - номер аминокислотного остатка соседнего параллельного тяжа, атом азота которого участвует в образовании водородной связи с атомом кислорода аминокилотного остатка с номером m, где k принадлежит диапазону [0;3].Также можно заметить, что иногда для ?-тяжей характерна следующая формула - H(n+1,n+3), где n - номер аминокислотного остатка, первая координата определяет местоположение атома азота, вторая - кислорода.
        
     3. Расположение С_β атомов
        С_β распологаются перпендикулярно плоскости структуры, причем происходит чередование направления.
        
   
   
5. Антипараллельная β -структура
• Ленточная модель
  
• Водородные связи
  
  

  Тип молекулы	Её цвет и вид
  N	Участок тяжа
  Cα	Участок тяжа
  C	Участок тяжа
  O	Участок тяжа
  Cβ	Шар

  
  
  1. Описание рисунка
     Каждый С_n атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода.
     
  2. Паттерн водородных связей
     К сожалению имелась только одна антипараллельная структура, и она состояла всего из двух β - тяжей. Н о все же водородные связи в β -тяжах следуют последоваетльности H(m-k, n+k), H(n-k, m+k), где n - номер аминокислотного остатка атома азота, а m - положение атома кислорода, а m - положение атома азота, различность букв объясняется тем что водородные связи связывают различные тяжи, k - заданное число
     
  3. Расположение С_β атомов
     С_β распологаются перпендикулярно плоскости структуры, причем происходит чередование направления.
     


6. β - поворот

Изображения β -поворота в ленточной, остовной и проволочной моделях показали, что β - поворот равен 180^o. Последовательность β - поворота: LIE49 GLY50 GLU51 LEU52. Присутствует 2 связи на антипараллельной β - структуре, скрепляющие поворот. H(52,49) и H(49,52).