Hа Главную
Второй Семестр
Kodomo Home

Data Banks

1. Поиск заданного белка в различных базах данных
1. MRS
   MRS List
   
2. SRS
   SRS List
   
3. UniProt
   UniProt List
   
Различия баз данных незначительны, MRS показался мне наиболее, информативным, хотя SRS предоставляет данные в более понятном графическом виде, так же в нем представлены форматы FASTA, GCG, PIR, Pretty.
2. Taxonomy
• Названия таксонов начинающихся на "gam"
  
  • gambusia
  • gammacoronavirus
  • gammaherpesvirinae
  • gammalipothrixvirus
  • gammapapillomavirus
  • gammaproteobacteria
  • gammaretrovirus
  • gammaridea
• Английский эквивалент таксона "Гамма-протобактерия" gammaproteobacteria
• В Банке SwissProt 120605 записей, описывающих Гамма-протобактерий
3. Запросы

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Isopentenyl Diphosphate	((([swissprot-AllText:Isopentenyl*] & [swissprot-AllText:diphosphate*]) | [swissprot-AllText:Isopentenyl diphosphate*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	1290
Dimethylallyl Diphosphate	((([swissprot-AllText:dimethylallyl*] & [swissprot-AllText:diphosphate*]) | [swissprot-AllText:dimethylallyl diphosphate*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	441
Catalyzes Rearrangement	((([swissprot-AllText:Catalyzes*] & [swissprot-AllText:rearrangement*]) | [swissprot-AllText:Catalyzes rearrangement*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	409
DMAPP	([swissprot-AllText:DMAPP*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	439

4. Сылка
File in fasta