Hа Главную
Второй Семестр
Kodomo Home

Patterns & Prosites

1. Выбранный фрагмент выравнивания, по которому строились паттерны

|

|

|

|

|

|

|

|

|

|

|

8

0

I

D

I

2

_

M

O

O

T

A

:

T

L

A

A

P

F

I

I

N

A

L

T

-

G

G

P

P

E

T

L

:

7

6

I

D

I

2

_

L

I

S

W

6

:

N

V

S

L

P

F

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

R

H

T

K

:

7

8

I

D

I

2

_

L

I

S

M

O

:

N

V

P

F

P

F

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

R

H

T

K

:

7

8

I

D

I

2

_

L

I

S

M

C

:

N

V

P

F

P

L

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

R

H

T

K

:

7

8

I

D

I

2

_

E

N

T

F

A

:

Q

L

P

Q

P

F

Y

V

N

A

M

T

-

G

G

S

Q

R

A

K

:

6

8

I

D

I

2

_

S

T

A

S

1

:

T

L

D

Q

P

L

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

E

W

T

K

:

7

4

I

D

I

2

_

S

T

A

A

S

:

T

M

A

Y

P

V

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

E

W

T

K

:

7

4

I

D

I

2

_

S

T

A

H

J

:

D

M

T

Y

P

I

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

E

W

T

K

:

7

4

I

D

I

2

_

B

A

C

S

U

:

S

S

S

S

P

I

F

I

N

A

M

T

G

G

G

G

K

L

T

Y

:

7

2

I

D

I

2

_

B

A

C

C

N

:

S

L

S

S

P

I

F

I

N

A

M

T

G

G

G

G

E

R

T

L

:

7

2

I

D

I

2

_

S

T

R

C

1

:

S

W

Q

V

P

I

Y

I

N

A

M

T

-

G

G

S

E

K

T

G

:

7

3

I

D

I

2

_

N

O

C

F

A

:

R

W

H

T

P

L

F

I

N

A

M

T

-

G

G

S

A

A

A

T

:

7

2

^

^

^

^

^

^

^

^

^

^

^

t

2. Создание паттернов аминокислотных последовательностей



Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	P-I-F-I-N-A-M-T-G-G-G	20	Нет
Сильный	P-[IVLF]-[YFI]-[IV]-N-A-[ML]-T-x(0,1)-G-G	66	Да
Слабый	P-[ILFV]-[YFILV]-[IVL]-N-A-[MLIV]-T-x(0,1)-G-G	67	Да


Первый патерн удовлетворял только белкам IDI2_BAC**, так как был очень строгим. Второй паттерн давал более обширные результаты, в итоге все выбранные последовательности были найдены, правда было и немало "мусора". Слабый паттерн охватил чуть большее количество последовательностей, тем самым обозначив близкородственные организмы.
Results of Pattern №1
Results of Pattern №2
Results of Pattern №3


3. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке IDI2_BACSU



Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	Pattern	N - {P} - [ST] - {P}	Неспецифична	3
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования цАМФ-и цГМФ-зависимой протеинкиназы	Pattern	[RK](2) - x - [ST]	Неспецифична	1
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназы С	Pattern	[ST] - x - [RK]	Неспецифична	4
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин киназы II	Pattern	[ST] - x(2) - [DE]	Неспецифична	7
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозин киназы С	Pattern	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	Неспецифична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	Pattern	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	Неспецифична	12