Hа Главную
Второй Семестр
Kodomo Home

Pfam, InterPro

1. Опиcание доменной структуры белка по данным Pfam.



Доменная структура белка IDI2_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка IDI2_BACSU	Клан
1.	PF01070	FMN_dh	Семейство FMN-зависимых дегидрогеназ. Названо по названию группы альфа-гидроксилированных кислот, включающих в себя FMN-содержащие флавопротеины	158 - 328	Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)




2. Представленность домена PF01070 в организмах разных видов

   Таксон		Количество белков с доменом PF01070.
   Эукариоты	Зеленые растения	36
   	Грибы	0
   	Животные	32
   	Остальные эукариоты	8
   Бактерии		1020
   Археи		72




3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

   №	PFAM ID	Bacillus subtilis
   1.	FMN_dh	Q6EVA0_BACSU
   2.	FMN_dh	IDI2_BACSU

   
   Не смотря на то, что среди бактерий нашлось более 1000 видов со сходной частью структуры, среди Bacillus subtilis есть только еще один вид, имеющий домен FMN_dh. Как и в IDI2_BACSU этот домен является единственным и находится во второй половине структуры.
   
4. Доменные перестройки


• Разрыв в домене PF01070 (FMN_dh)
B2B537_PODAN:
IDI2_STRPN:


• Домен PF01070 (FMN_dh) довольно часто встречается с доменом PF00173 (Cyt-b5)
CYB2_HANAN:
Q0CJV5_ASPTN:


• Домен PF01070 (FMN_dh) может встречается как на N-конце так и на C-конце
B8N6L7_ASPFN:
C3ZKZ9_BRAFL:

5. Выравнивание-затравка для домена PF01070 (FMN_dh)
Скачать выравнивание в формате msf можно тут

6. Сравнение и описание мотивов в разных базах данных



• Самый короткий мотив PF01070 (PFAM) FMN_dh
• Самый длинный мотив (один из трех) PIRSF003314 (PIRSF) IPP_isomerase
• Структурные подписи изображены выше (Structural Features)
• Различия в границах структурных доменов есть, но небольшие
• Данные, полученные при обработке последовательностей

PFAM	PIRSF	PANTHER SF3	TIGRFANs	GENE 3D	HAMAP	PANTHER	SUPERFAMILY
21 - 154; 168 - 324	1 - 340	8 - 347	5 - 330	21 - 349	3 - 330	8 - 347	21 - 349



• При сравнении структурных данных PDB и данных от полученных при помощи Pfam получаем, что в Pfam мотивы отмечены 158-328, при структурных данных 1-349. Что означает, что мотив структурных данных в 2 раза длиннее мотива, полученного при обработке последовательностей
• При сравнении же других структурных данных CATH и данных из базы Gene 3D получаем одинаковые мотивы.