Hа Главную
Второй Семестр
Kodomo Home

PSI-BLAST

1. Таблица поиска в Psi-Blast



ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
P18196	MINC_ECOLI	5	162	0.05	0,05	885	2e-05	0.16
P0A832	SSRP_ECOLI	2	514	3e-10	5.4	514	1e-31	0.34
P17265	PR5M_RHIME	4	15	0.005	0.12	25	8e-15	0.025
P50740	IDI2_BACSU	5	207	0.03	0.05	642	0.05	0.05


Измененение параметра E-value при интерациях довольно сильно связано с общим количеством последовательностей. Чем больше количество последовательностей, тем меньше изменяется E-value. Такая тенденция хорошо заметна если сравнить первый и второй белки.


2. Интерация с порогом 0.001

При изменении порога E-value с 0.005 до 0.001 первая группа последовательностей стабилизировалась после второй интерации с 265 результатами. При этом установился порог E-value равный 10^-10 именно его и можно использовать в качестве максимального.