i2  3'      5' j2
                       /|\      |
                        |       |
               Strand I |       | II
                        |       |
                        |       |
                        |      \|/
                    i1  5'      3' j1

     step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 GC/GC  2.64( 0.51)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.78( 2.74)  8.42( 3.25)
   2 CG/CG  0.76( 0.01)  0.00( 0.00)  3.20( 0.72)  0.46( 0.00)  4.42( 0.73)
   3 GG/UC  2.38( 0.91)  0.00( 0.00)  0.08( 0.00)  0.33( 0.00)  2.79( 0.91)
   4 GA/UU  3.72( 2.19)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.58( 0.89)  6.30( 3.08)
   5 AU/AU  4.79( 3.43)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.04( 1.74)  7.83( 5.18)
   6 UU/AA  0.78( 0.01)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.15( 2.66)  3.93( 2.66)
   7 Uc/GA  0.82( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.37( 1.85)  4.19( 1.85)
   8 cU/AG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.43( 0.00)  3.87( 2.83)  4.29( 2.83)
   9 UG/CA  0.16( 0.00)  0.00( 0.00)  2.60( 1.28)  0.13( 0.00)  2.89( 1.28)
  10 GU/AC  6.87( 3.88)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.53( 1.98) 10.40( 5.86)
  11 UG/CA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.46( 2.20)  0.00( 0.00)  4.46( 2.20)
  12 Gu/aC  8.81( 4.20)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.17( 0.85) 12.98( 5.06)
  13 uP/Ga  5.72( 1.89)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  8.48( 3.73) 14.20( 5.63)
  14 PA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  15 AA/cU  0.65( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.75( 1.18)  3.40( 1.18)
  16 AP/Ac  4.50( 1.95)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.77( 3.74) 11.27( 5.68)
  17 Pc/GA  1.75( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.13( 3.30)  6.88( 3.30)
  18 cU/AG  0.07( 0.00)  0.00( 0.00)  0.71( 0.00)  0.72( 0.72)  1.49( 0.72)
  19 UG/CA  0.07( 0.00)  0.00( 0.00)  3.07( 1.76)  0.04( 0.00)  3.18( 1.76)
  20 GG/CC  2.97( 1.48)  0.00( 0.00)  0.36( 0.00)  0.19( 0.00)  3.53( 1.48)
  21 GA/gC  3.66( 1.01)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.47( 2.64)  9.13( 3.65)
  22 Ag/Cg  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.27( 0.04)  0.34( 0.07)  1.61( 0.11)
  23 gC/GC  3.38( 0.62)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.14( 3.85) 10.52( 4.46)
  24 CU/AG  1.05( 0.02)  0.00( 0.00)  0.03( 0.00)  2.47( 2.16)  3.55( 2.18)
  25 UC/GA  1.26( 0.30)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.00( 0.06)  2.26( 0.36)
  26 CA/UG  0.00( 0.00)  1.98( 0.00)  2.24( 0.19)  0.00( 0.00)  4.22( 0.19)
  27 AG/CU  2.43( 0.70)  0.00( 0.00)  0.16( 0.00)  0.00( 0.00)  2.58( 0.70)
  28 GG/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)