Hа Главную
Третий Семестр
Kodomo Home

Комплексы ДНК-белок

1. Контакты разного типа в комплексе 1CF7.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	8	19	27
остатками фосфорной кислоты(Å)	17	17	34
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	7	15	22
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	1	3


Наибольшее число контактов обнаружено с остатками фосфорной кислоты. Скорее всего данные атомы расположены на поверхности молекулы ДНК и поэтому доступны


2. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot


• Первый контакт
Аминокислота ARG122 (Цепь B) слева


• Второй контакт
Аминокислота ARG17 (Цепь A) справа


• Причины
1.Контакт аминокислоты с основанием нуклеотида.
2.Нахождение рядом еще нескольких контактов (аминокислота-основание нуклеотида).



3. Реальная и предсказанная структура тРНК 1EVV.pdb

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар	Предсказано 0 пар из 7	Предсказано 6 из 7
D-стебель	5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пар	Предсказано 0 из 4	Предсказано 4 из 4
T-стебель	5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар	Предсказано 5 из 5	Предсказано 5 из 5
Антикодоновый стебель	5' 38-44 3' 5' 26-32 3' Всего 6 пар	Предсказано 5 из 7	Предсказано 5 из 7
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	10	20




4. Стебли, полученные при помощи enverted

1EVV: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps
      22 gagcgccaga 31      
         || | |||||
      48 ctggaggtct 39      

1EVV: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
      49 ctgtg 53      
         |||||
      65 gacac 61      
    
  

5. Алгоритм Зукера
При увеличенни параметра "P" программа выдавала много структур, которые не оказались лучше первоначальной.

Изображение, полученное с помощью mfold: