ID   SEQUENCE_PROFILE; MATRIX.
AC   ZZ99999;
DT   Tue Sep 13 15:51:20 2011
DE   Generated from MSF file: 'pft_new.msf'.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=28;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=26;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.0000000; R2=0.0100000; TEXT='No_units';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=850; N_SCORE=8.5000000; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=650; N_SCORE=6.5000000; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-11; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-30,-22,36,-30,14,-8,-22,-8,-8,-22,-32,-14,-22,-20,-20,-10,18,62,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-20,40,-30,60,20,-30,-10,-10,-30,-10,-40,-30,10,-10,0,-20,0,-10,-30,-40,-30,10;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-28,-10,-28,-20,-10,-30,-29,27,-20,9,8,-27,-20,-20,-28,-17,4,35,-29,-11,-20;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-34,-10,-34,-28,-2,-38,-29,23,-22,29,14,-27,-28,-22,-22,-17,-4,15,-23,-11,-28;
MA   /M: SY='V'; M=4,-29,1,-29,-21,-12,-27,-29,22,-20,6,6,-29,-20,-20,-28,-16,-1,31,-29,-12,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-19,26,-30,7,0,-30,-2,9,-30,2,-29,-19,54,-20,1,5,8,-1,-30,-39,-20,0;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-20,-10,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-20,-20,-30,-20,0,40,-30,-10,-20;
MA   /M: SY='H'; M=-18,9,-29,-3,1,-18,-13,29,-28,1,-26,-16,25,-19,5,1,-1,-10,-26,-25,2,2;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-32,-16,-32,-25,25,-32,-9,7,-23,7,3,-27,-31,-20,-25,-20,-14,4,-1,26,-25;
MA   /M: SY='T'; M=12,-8,-8,-8,-6,-20,-8,-16,-14,-6,-14,-10,0,-10,-6,-10,22,24,-8,-26,-20,-6;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-30,-20,0,-30,10,-20,0,0,-10,50,10,0,-10,-20,-20,-10,30;
MA   /M: SY='A'; M=34,-16,-2,-16,-8,-20,0,-18,-12,-8,-12,-10,-14,-10,-8,-10,16,2,-4,-30,-20,-8;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-9,-30,-9,-16,-30,52,-18,-39,-17,-38,-27,0,-19,-13,-17,0,-19,-29,-20,-28,-15;
MA   /M: SY='A'; M=40,-20,0,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10,10,0,0,-30,-20,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-10,-30,-30,0,-40,-30,40,-30,20,10,-30,-30,-30,-30,-20,-10,30,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-9,-30,-18,2,-30,-20,0,-30,19,-20,-9,0,-19,14,46,-9,-10,-29,-29,-19,3;
MA   /M: SY='H'; M=-19,-4,-28,-13,-3,-9,-22,69,-25,-11,-23,-16,6,-21,-2,-2,-11,-19,-26,-20,17,-3;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-30,-10,-30,-28,-2,-38,-30,38,-28,18,10,-30,-28,-28,-30,-20,-8,32,-30,-10,-28;
MA   /M: SY='A'; M=37,-18,-1,-18,-9,-20,0,-19,-11,-9,-11,-10,-17,-10,-9,-10,13,1,-2,-30,-20,-9;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-10,-30,-20,0,-30,-20,0,-30,20,-20,-10,0,-20,10,50,-10,-10,-30,-30,-20,0;
MA   /M: SY='A'; M=40,-20,0,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10,10,0,0,-30,-20,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-20,40,20,-30,-30,-20,-20,-20,-10,10,-20,-10,-30;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-20,40,20,-30,-30,-20,-20,-20,-10,10,-20,-10,-30;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake pft_new.msf blosum62.cmp";
//
empire_patrol@kodomo:~/Term4/pr12$ ^C
empire_patrol@kodomo:~/Term4/pr12$ pfmake pfw.msf blosum62.cmp
ID   SEQUENCE_PROFILE; MATRIX.
AC   ZZ99999;
DT   Tue Sep 13 15:54:10 2011
DE   Generated from MSF file: 'pfw.msf'.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=28;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=26;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.0000000; R2=0.0100000; TEXT='No_units';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=850; N_SCORE=8.5000000; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=650; N_SCORE=6.5000000; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-11; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-30,-24,41,-30,9,-6,-24,-6,-6,-24,-34,-17,-24,-20,-20,-10,16,55,-24;
MA   /M: SY='D'; M=-20,40,-30,60,20,-30,-10,-10,-30,-10,-40,-30,10,-10,0,-20,0,-10,-30,-40,-30,10;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-29,-10,-29,-22,-8,-32,-29,30,-22,11,9,-28,-22,-22,-29,-18,1,35,-29,-11,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-32,-10,-32,-28,-2,-38,-29,26,-23,26,12,-27,-28,-23,-23,-17,-4,18,-24,-11,-28;
MA   /M: SY='V'; M=4,-29,14,-29,-24,-13,-27,-29,16,-21,3,3,-29,-21,-21,-28,-14,-2,24,-28,-13,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-18,21,-30,3,0,-30,-5,8,-30,5,-28,-18,46,-20,2,12,5,-2,-30,-38,-20,0;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-20,-10,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-20,-20,-30,-20,0,40,-30,-10,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-18,11,-29,-2,0,-18,-11,22,-27,1,-26,-16,29,-20,3,0,0,-8,-26,-26,1,0;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-32,-15,-32,-24,21,-32,-11,9,-23,7,4,-27,-30,-20,-26,-20,-12,8,-4,23,-24;
MA   /M: SY='T'; M=11,-7,-8,-7,-6,-20,-8,-16,-14,-6,-14,-10,1,-10,-6,-10,23,24,-9,-26,-20,-6;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-30,-20,0,-30,10,-20,0,0,-10,50,10,0,-10,-20,-20,-10,30;
MA   /M: SY='A'; M=34,-16,-2,-16,-8,-20,0,-18,-12,-8,-12,-10,-14,-10,-8,-10,16,2,-4,-30,-20,-8;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-9,-30,-9,-17,-30,53,-18,-39,-17,-38,-27,0,-19,-14,-17,0,-19,-29,-20,-28,-16;
MA   /M: SY='A'; M=40,-20,0,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10,10,0,0,-30,-20,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-10,-30,-30,0,-40,-30,40,-30,20,10,-30,-30,-30,-30,-20,-10,30,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-8,-30,-15,5,-30,-20,0,-30,18,-20,-8,0,-18,19,41,-8,-10,-28,-28,-18,7;
MA   /M: SY='H'; M=-18,-9,-25,-17,-7,-8,-25,55,-18,-12,-14,-11,1,-22,-5,-5,-12,-18,-21,-20,13,-7;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,60,-20,-40,-20,-40,-30,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-30,-10,-30,-28,-2,-38,-30,38,-28,18,10,-30,-28,-28,-30,-20,-8,32,-30,-10,-28;
MA   /M: SY='A'; M=36,-17,-1,-17,-9,-20,0,-19,-11,-9,-11,-10,-16,-10,-9,-10,14,1,-3,-30,-20,-9;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-10,-30,-20,0,-30,-20,0,-30,20,-20,-10,0,-20,10,50,-10,-10,-30,-30,-20,0;
MA   /M: SY='A'; M=40,-20,0,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10,10,0,0,-30,-20,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-20,40,20,-30,-30,-20,-20,-20,-10,10,-20,-10,-30;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-20,40,20,-30,-30,-20,-20,-20,-10,10,-20,-10,-30;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake pfw.msf blosum62.cmp";
//