Схематическое изображение дерева
Укоренение данного дерева произошло в ветвь: {LACDA,LACLM} VS {ENTFA,BACAN,LISMO,STAES,CLOTE,FINM2}
Укоренение правильного дерева: {CLOTE,FINM2} VS {ENTFA,BACAN,LISMO,STAES,LACDA,LACLM}
При помощи программы retree было укоренено дерево, полученное методом UPGMA, правда само укоренение произошло еще при построении дерева программой fneighbor. Укоренение не соответствует правильному дереву.
Возможно так же укоренение дерева NJ. Укоренение дерева fprotpars не удасться, так как программа не выдает длины ветвей, а значит укоренить дерево не получится.
При помощи программы retree пакета PHYLIP было произведено укоренение дерева, построенного fprotpars с использованием внешней группы E.Coli.
Укоренение дерева прошло {FINM2} VS {CLOTE,ENTFA,BACAN,LISMO,STAES,LACDA,LACLM}.
Построение дерева при помощи программы fconsense
Данное дерево наиболее похоже на правильное. Изменения в его строении относительно правильного дерева:
Новые ветви:
{LACDA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES,ENTFA} Times out of 100: 100.0
{BACAN,STAES} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,LISMO} Times out of 100: 51.33
Правильные ветви, совпадающие в правильном и бутстреп деревьях:
{LACDA,ENTFA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES} Times out of 100: 46.83
{BACAN,LISMO,STAES} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,CLOTE,FINM2} Times out of 100: 43.83
{CLOTE,FINM2} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,BACAN,LISMO,STAES} Times out of 100: 100.0
Правильные ветви, отсутствующие в бутстреп дереве
{ENTFA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES,LACDA} Times out of 100: ~0
{BACAN,LISMO} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,STAES} Times out of 100: 13.00