Hа Главную
Четвертый Семестр
Kodomo Home

EC. KEGG

  1. ЕС код фермента белка GLK_ECOLI
    На странице UniProt с описанием белка GLK_ECOLI был найден код EC=2.7.1.2.
    По данным базы International Union of Biochemistry and Molecular Biology код был расшифрован как:
    EC 2 - Трансферазы (Transferase)
    EC 2.7 - Переносчики фосфор-содержащие группы (Transferring phosphorus-containing groups)
    EC 2.7.1 - Фосфотрансферазы со спиртовой акцепторной группой (Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor)
    EC 2.7.1.2 - Глюкокиназа (Glucokinase)

    Фермент осуществляет следующую реакцию:
    ATP + D-glucose = ADP + D-glucose 6-phosphate
    Графическое изображение катализируемой реакции:



  2. Метаболические пути фермента EC=2.7.1.2
    В результате поиска гена по названию локуса b2388 в базе KEGG среди генов Escherichia coli была найдена запись eco:b2388.
    В поле Pathways имеется 6 идентификаторов метаболических путей, ассоциированных с этим геном:
    ID Русское название Английское название
    eco00010 Гликолиз / Глюконеогенез Glycolysis / Gluconeogenesis
    eco00052 Метаболизм галактозы Galactose metabolism
    eco00500 Метаболизм крахмала и сахарозы Starch and sucrose metabolism
    eco00520 Метаболизм амино сахара и нуклеотид сахара Amino sugar and nucleotide sugar metabolism
    eco00521 Биосинтез стрептомицина Streptomycin biosynthesis
    eco01100 Метаболические пути Metabolic pathways



    Голубым выделен фермент глюкокиназа.

  3. Структурные формулы химических соединений
    В базе данных химических соединений KEGG LIGAND былы найдены необходимые вещества:
    ID Русское название Английское название Структура
    C00147 Аденин Adenine; 6-Aminopurine
    C00242 Гуанин Guanine; 2-Amino-6-hydroxypurine

  4. Поиск метаболического пути между двумя веществами
    При помощи KEGG Pathway был осуществлен поиск метаболического пути между веществами аденин и гуанин:
    Цепочка аденин → гуанин осуществляется на пути метаболизма пурина.
    Путь от аденина к гуанину через промежуточные соединения AMP (C00020), IMP (C00130), XMP (C00655) и GMP (C00144) - 5 стадий катализа, отмечен на изображении:


    Голубым отмечено начальное соединение цепочки, синим - промежуточные, розовым - конечное соединение цепочки.

  5. Сравнение метаболических путей у разных организмов

    Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах с известными полными геномами.
    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli K-12 MG1655 нет
    Карта реакций    		 нет необходимых ферментов (отсутствует фермент EC=3.5.4.6)
    Archaeoglobus fulgidus нет
    Карта реакций    		 нет необходимых ферментов (есть только ферменты EC=1.1.1.205 и EC=6.3.5.2)
    Arabidopsis thaliana да
    Карта реакций    		 выполнены все условия, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Homo sapiens да
    Карта реакций    		 выполнены все условия, необходимые для осуществления цепочки реакций

  6. Сравнение ферментов из далеких организмов
© Кузнецов Виктор Петрович