В данной работе был выбран домен PF01070. В банке PFAM были найденыы данные доменные структуры:
FMN_dh + Cyt-b5:
FMN_dh:
Полученные данные о домене PF01070 были использованы для создания таблицы имеющей всю необходимую информацию для выбора белков.
К сожалению наличие домена Cyt-b5 сильно влияет на длину домена FMN_dh (укорачивает почти в половину), поэтому получить хорошее выравнивание врятли удасться.
Было выбрано 28 белков, 24 из которых подверглись выравниванию. После первичного выравнивания было произведено дополнительное выравнивание (с удалением выравниваний, имеющих огромные гэп участки) + раскраска по группам.
Оставшиеся после дополнительного выравнивания последовательности были записаны в fasta файл, который был подан программам fprotdist и fneighbor.
При помощи программы MEGA данное дерево было визуализированно:
Хорошо заметны две основные ветви данного дерева (разделены голубой линией), как раз эти ветви и являются ветвями первой и второй доменных организаций (голубыми точками отмечена первая доменная огранизация, желтыми вторая, красными кружками отмечены бактериальные белки, остальные эукариотические, архейные возможно были утеряны в процессе редактирования выравнивания). Заметно, что B8MJD7_TALSN (Talaromyces stipitatus) выровнен неверно.
Из этого можно сделать вывод, что изменение в доменной структуре произошло 1 раз и эволюционно сохранилось