Hа Главную
Четвертый Семестр
Kodomo Home

Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательноcтям

1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям
   Используя программы seqret и muscle были получены последовательности ДНК, кодирующие 16S рРНК, и построено их выравнивание.
   Для построения дерева по выравниванию была использована программа fdnaml
   Дерево, построенное по нуклеотидной последовательности дало результат, очень отдаленный от действительности:
   {ENTFA,LISMO} VS {LACDA,BACAN,LACLM,STAES,CLOTE,FINM2} имеется в дереве fdnaml
   {BACAN,STAES} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,LISMO} имеется в дереве fdnaml
   {LACDA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES,ENTFA} имеется в дереве fdnaml
   {CLOTE,LACDA,LACLM,FINM2} VS {ENTFA,BACAN,LISMO,STAES} имеется в дереве fdnaml
   {LACDA,ENTFA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES} имеется в правильном дереве, отсутствует в fdnaml
   {BACAN,LISMO} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,STAES} имеется в правильном дереве, отсутствует в fdnaml
   {BACAN,LISMO,STAES} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA} имеется в правильном дереве, отсутствует в fdnaml
   {ENTFA,LACLM} VS {LACDA,CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES} имеется в правильном дереве, отсутствует в fdnaml
   Судя по количеству измененных ветвей можно сделать вывод, что построение дерева по аминокислотным остаткам более правдоподобное.


2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги
   При помощи программ blastall, seqret и muscle были получены последовательности достоверных гомологов, и построено их выравнивание.
   Для построения дерева по выравниванию была использована программа fprotpars
   
   Ортологи:
   • HSLU_ENTFA & HSLU_LACDA
   • CLPX_ENTFA & CLPX_LACLM
   • HSLU_LISMO & HSLU_BACAN
   
   Паралоги:
   • CLPE_BACSU & CLPC_BACSU
   • B0S222_FINM2 & B0S0E3_FINM2
   • CLPC_STAES & CLPX_STAES
   
   
3. Дополнительное задание
   

   Бактерия	AC полного генома	Координаты FT	Команда EMBOSS
   Bacillus anthracis	CP002468	2221825..2223383	seqret embl:AC stdout >> mnemonika.fasta -sask
   Clostridium tetani	AE015927	complement(41801..43309)
   Enterococcus faecalis	AE016830	248466..249987
   Finegoldia magna	AP008971	197837..199361
   Lactobacillus delbrueckii	CP000412	complement(374851..376399)
   Listeria monocytogenes	FM242711	234080..235590
   Staphylococcus epidermidis	CP000029	105734..107287