Hа Главную
Четвертый Семестр
Kodomo Home

Построение филогенетического дерева

1. Филогенетическое дерево бактерий семейства Firmicutes
   
   • Схематическое изображение дерева
   
   
   
   • Таблица представленных видов

     Название	Мнемоника
     Bacillus anthracis	BACAN
     Clostridium tetani	CLOTE
     Enterococcus faecalis	ENTFA
     Finegoldia magna	FINM2
     Lactobacillus delbrueckii	LACDA
     Lactococcus lactis	LACLM
     Listeria monocytogenes	LISMO
     Staphylococcus epidermidis	STAES

   
   
   • Скобочная фомула: ((CLOTE,FINM2),((LACDA,(ENTFA,LACLM)),((BACAN,LISMO),STAES)));
   
   
   • Нетривиальные ветви
     {CLOTE,FINM2} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,BACAN,LISMO,STAES}
     {ENTFA,LACLM} VS {LACDA,BACAN,LISMO,STAES,CLOTE,FINM2}
     {BACAN,LISMO} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,STAES}
     {LACDA,ENTFA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES}
     {BACAN,LISMO,STAES} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,CLOTE,FINM2}
     
     
2. Таксономия отобранных видов
   
   



3. Выравнивание последовательностей фактора элонгации трансляции Ts
   
   • При помощи SRS были получены необходимые последовательности. Скачать их можно тут
     
   • Командой muscle получено выравнивание. Скачать его можно тут
     


4. Построение дерева при помощи программы fprotpars
   Иное расположение имеют виды ENTFA и STAES. Изменение положения вида STAES весьма оправданно, так как переход от одной ветви к другой не несет изменение таксономии. ENTFA изменив положение в дереве, совершил переход от Lactobacilliales к Bacilliales. Такой переход можно объяснить построением дерева только по одному фактору элонгации, а так же небольшому количеству организмов. В таком случае очень сильный вес будут иметь случайные совпадения при выравнивании.
   
   Изменения в строение дерева:
   {LACDA,ENTFA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES} имеется в правильном дереве, отсутствует в frotpars
   {BACAN,LISMO} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,STAES} имеется в правильном дереве, отсутствует в frotpars
   {BACAN,STAES} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,LISMO} имеется в дереве frotpars
   {CLOTE,LACDA,LACLM,FINM2} VS {ENTFA,BACAN,LISMO,STAES} имеется в дереве frotpars
   {ENTFA,LACLM} VS {LACDA,BACAN,LISMO,STAES,CLOTE,FINM2} имеется в правильном дереве, отсутствует в frotpars
   {LACDA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES,ENTFA} имеется в дереве frotpars
   
   
5. Матрица расстояний
   Построение матрицы при помощи программы fprotdist
   
   По правилу ультраметричесности:
   d(LACDA,CLOTE) > d(CLOTE,FINM2) => d(LACDA,CLOTE) ~ d(LACDA,FINM2), однако d(LACDA,CLOTE) = 0.971480 > d(LACDA,FINM2) = 0.808775, нарушение правила ультраметричности очень велико.
   
   По правилу аддитивности:
   d(CLOTE,FINM2) + d(BACAN,LISMO) < d(CLOTE,BACAN) + d(FINM2,LISMO) = d(CLOTE,LISMO) + d(FINM2,BACAN),
   однако d(CLOTE,BACAN) + d(FINM2,LISMO) = 0.774468 + 0.651876 > d(CLOTE,LISMO) + d(FINM2,BACAN) = 0.608139 + 0.813277, равенство нарушено, но довольно не сильно, разница во втором знаке после запятой.
   


6. Построение деревьев методом fneighbor
   Методом UPGMA
   Методом Neighbor-Joining
   Дерево построеное fneighbor UPGMA полностью совпадает с деревом построенными fprotpars.
   Построенное методом NJ имеет изменения в строении дерева по сравнению с правильным:
   {LACDA,LACLM} VS {CLOTE,FINM2,BACAN,LISMO,STAES,ENTFA} имеется в дереве NJ
   {LISMO,CLOTE,FINM2} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,BACAN,STAES} имеется в дереве NJ
   {BACAN,STAES} VS {CLOTE,FINM2,LACLM,ENTFA,LACDA,LISMO} имеется в дереве NJ
   {BACAN,LISMO,STAES} VS {LACDA,ENTFA,LACLM,CLOTE,FINM2} имеется в правильном дереве, отсутствует в NJ
   {ENTFA,LACLM} VS {LACDA,BACAN,LISMO,STAES,CLOTE,FINM2} имеется в правильном дереве, отсутствует в NJ