Было просмотрено большое количество трансмембранных белков. Из которых выбрано 10:
| PDB код | Число цепей | Тип | Число трансмембранных участков в цепи | Число остатков в одном трансмембранном участке |
| 2k9y | 2 | α-спираль | 2 | По 23 |
| 7ahl | 7 | β-баррель | 14 | 7-8 |
α-спирали могут быть наклонены относительно оси, соединяющей две стороны мембраны. Концы белка могут быть как погружены в мембрану, так и выходить с двух сторон из мембраны.
β-баррелли могут быть расположены в мембране образуя комплексы, взаимосвязанные, а так же связанные с α-спиралями, которые могут выступать наружу мембраны, тем самым регулируя проходимость комплекса.
Можно сделать вывод, что расположение и взаимосвязь различных элементов трансмембранных комплексов играют спецефическую роль в функционировании белка.
- По аннотациям записи Uniprot было найдено 12 трансмембранных участков:
- С помощью программы предсказания трансмембранных спиралей по последовательности TMHMM найдено 11 трансмембранных участков.
- В базе данных PDBTM была найдена запись 2V50. Приведена иллюстрация расположения трансмембранных участков:
Желтым отмечены трансмембранные участки. Таких участков нашлось 12.
Файлы выравниваний: консервативность, расположение (красный - outside (в псевдопоследовательности отмечен как "^"), желтый - TM (-), синий - inside (_)). Просмотрев выравнивания на консервативность и деление на участки, сделал вывод, что Uniprot дает результат с наименьшими конфликтами, но не факт, что именно он самый правильный.
| Число а.к. остатков | |
| Всего а.к. остатков в последовательности | 1049 |
| Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) | 222 |
| Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) | 143 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) | 79 |
| Правильно не предсказали (не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) | 823 |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) | 4 |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0,97 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 0,91 |
| Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 0,64 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0,36 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,005 |
Вывод: TMHMM не смог достоверно определить участки, так как точность и сверхпредсказание зашкаливают, хотя, можно сказать о том, что TMHMM верно указал местоположения 11/12 участков, но с границами сегментов ошибся не слабо.