Hа Главную
Седьмой семестр
Kodomo Home

Кристалл, группа симметрий, структурные факторы

1. Карта электронной плотности нескольких аминокислотных остатков, а так же плохо и хорошо вписанные остатки описаны в предыдущем практикуме.


2. Определение параметров элементарной ячейки
   Необходимые параметры указаны в PDB файле.

   CRYST1  115.833  115.833  141.520  90.00  90.00  90.00 I 4 16
             
   LBH: 115.833 x 115.833 x 141.520 A 
   Angles: alpha = 90°, betta = 90°, gamma = 90°
    
   Hermann-Mauguin:
   Тип центрирования: I
   Группа симметрии: 3 
   Количество мономеров в ячейке: 18



3. Окружения белквой молекулы.
   Для поиска соседних молекул на расстоянии 5 А была выполнена команда symexp neib, 1P0K, (1P0K), 5.0, результат показан в виде изображения:
   
   
   
   Исходный белок окрашен в зеленый цвет, он имеет 7 соседей => упаковка кристалла не очень плотная.


4. Cимметрия кристаллической решетки.
   
   Вид спереди и сбоку на кристаллическую решетку.


5. Структурные факторы
   

   data_r1p0ksf
   #------------------------------------------------------------
   _audit.revision_id    1_0
   _audit.creation_date  2003-06-17
   _audit.update_record  'Initial Release'
   #
   loop_
   _refln.wavelength_id    -указатель
   _refln.crystal_id       -указатель
   _refln.index_h          -индекс отражения
   _refln.index_k
   _refln.index_l
   _refln.F_meas_au        -измеренное значение структурного фактора
   _refln.F_meas_sigma_au  -стандартная ошибка
   _refln.status           -статус отражения
   
   Количество полученных структурных факторов 71797
   Максимальная амплитуда - 4014,7 со стандартным отклонением 61,94. 
   Минимальная амплитуда - 6,3 со стандартным отклоением 4,62.